地方行政官吏的地位，主要根据所在的地理位置的不同而有所区别，一般在首都地区的地位最高，在繁华紧要地区的次之，在中原地区的又次之，在沿边和荒远地区的地位最低，当然，影响其地位的还有防务、人口、物产和提供赋役的能力等诸因素。至南北朝时，根据其重要性，将地方州、郡、县划分为三等九级②。由于地位的不同，长官的级别和官府僚属设置的多寡也有不同。
（一）州的主要长官及官府机构设置
东汉时，州成为最高一级的地方行政区划，原为监察区长官的刺史便成为最高的地方行政长官。黄巾起义爆发后，刺史典领郡兵进行镇压，为提高刺史的地位而将其改称州牧，同时又加监军、将军名号，从而使这些人合法地拥有一州的军事、行政、财政和司法大权，不断发展自己的势力，甚至兼并他州，成为割据一方的实际统治者。魏晋南北朝时，因世家大族势力雄厚，在这方面非但没有进行整顿，而且使刺史兼军职制度化，不兼军职的刺史被称为"单车"，意味着其地位和权力均不足观。
由于刺史身兼将军或都督等军职，其府属机构渐次形成为军事和行政两套班子。
州府机关的行政组织，东汉时已初具规模，设有别驾、治中、都官等从事史以及主簿、门亭长等书佐①。魏晋时期变化不大，只是分工更加细密，逐渐形成三个支系。一是别驾，"主吏及选举事"②，"分掌诸曹，兵、贼、仓、户、水、铠之属"③，"其任居刺史之半"④，地位最为重要，是刺史的重要助手。二是治中，"主众曹文书事"⑤，统领州府机关诸曹的文书，与别驾构成相互制衡之势。二是主簿，主管刺史府的节杖文书，内传外宣，为喉舌耳目，统领门亭长、录事、记室等文秘承送机构。三个支系各有所属吏员，既有一定的分工，又相互制约，共同管理州府的行政事务。
加将军名号、位如"八公"而又将兵的州刺史，可以开府，设长史、司马和西、东、户、贼、兵铠、士、营军、刺奸、帐下督等曹掾史，以及主簿，阁下记室、记室、舍人、门令史等⑥，这些官吏也是依辅佐、政务、文书的分工而设置的。
军、政两套组织统归一人指挥，必然造成令出一处而政行两端。然而，② 即上上、上中、上下，中上、中中、中下，下上、下中、下下。
① 参见《续汉书志》卷27《百宫志》。
②③ 《宋书》卷40《百宫志》。
④ 《太平御览》卷263 引庾亮《答郭逊书》。
⑤ 《宋书》卷40《百官志》。
⑥ 参见《晋书》卷24《职官志》。
这种制度却在南北朝时得以确立。取消了单车刺史，使刺史身兼军政两职制度化。如北齐的刺史均置府，有长史、司马以及录事等参军事、行参军为府属员，有别驾、治中、主簿、诸曹椽史等为州属员；还规定上上州刺史府属和州属官佐吏员额为393 人，依次每等减51 和50 人，每级减10 人，至下下州刺史为222 人①。这样就使军、政两套组织因定下来，确定了州一级军、政组织的规模。
州的僚属官佐一般由长官自行委任，但由于别驾、治中、长史、司马等职重位尊，这些重要的僚属往往由中央委任，意在牵制和分散地方的势力。
（二）郡的主要长官及官府机构设置
秦在郡设郡守作为一郡的最高行政长官，掌管全郡事务，设郡尉以辅佐郡守，分管军事；置郡监以掌监察，是中央设在地方上的耳日。他们都直接受中央政府的节制，由皇帝直接控制。即所谓"秦变封建为郡县，恐其权重，故每郡但置一监一守一尉，此上别无统治之者"②。
汉代郡国并行，郡设守（太守）③、国设相，为郡国的最高行政长官。另在郡设尉（都尉）、国设中尉，协助守、相分管军事。郡不再设固定的监察官员，只是由中央不定期地派遣御史、丞相史等到郡视察。汉武帝元封五年（公元前106 年），初分天下为13 部（州），每部（州）置刺史：人，以巡察郡国。在州成为一级地方行政区划以前，刺史负责郡的监察工作。


东汉时，"省诸郡都尉，并职太守"④，只是有战事时才临时设置都尉。
这样郡的主要长官只有太守1 人，另设丞（边戍郡为长史）为太守的副职，辅助太守处理政务。太守和丞都由中央委派。这种制度为魏晋南北朝所因循，只是封国的长官改为"内史"，职权地位与太守相同。
秦汉的郡府直接对中央负责，因此郡府组织比较庞大，府属称为椽史，"分曹治事"，这些曹大体相当于现代国家机关的科室①。
魏晋时，郡守多兼军职，郡府与州一样设有军、政两套组织。东晋南北朝时，由于析郡过多，郡的辖地缩小，辖户减少。分郡达五六百，无论地位还是作用，都不能像以前那样重要。由于军权集中，太守虽兼军职，但都是州的属将，不够置府的资格，所以郡中仅设有一套组织。如北齐的上上郡太守，"属官有丞，中正，光迎功曹，光迎主簿，功曹，主簿，五官，省事，录事，及西曹、户曹、金曹、租曹、兵曹、集曹等掾佐，太学博士、助教、太学生，市长，仓督等员"②，合计属官佐吏212 人，二、三等各减45 和40① 参见《隋书》卷27《百宫志中》。
② 《汉书》卷19 上《百宫表》王鸣盛《补注》。
③ 首都所在地的郡长官称"尹"，以后各代相同。
④ 《续汉书志》卷28《百官志》。
① 参见严耕望：《秦汉地方行政制度》，1961 年台北版，第2 章《郡府组织》，曾繁康：《中国政治制度史》，1979 年台北版，第139-141 页。以上两书认为，秦汉郡国守、相之下属员除都尉、丞、长史为武职，功曹史、五官掾、督邮为文职以外，主簿是办公厅主任，秘书为主记室、录事、奏曹，财务为少府史，侍卫为门下督、门下贼曹、府门亭长，谋士为议曹，勤杂为门下掾、史、书佐、干、小史，以上为郡府办公厅建置。此外，还有主管民政的户、田、水、时、比曹掾史，主管财政的仓、金、计、市曹掾史，主管兵政的兵、尉、塞曹掾史，主管司法的贼、贼捕、决、辞、督邮等掾史，主管交通的法、集、漕曹掾史，主管教育卫生的学宫、祭酒、孝经师、文学史、医曹等。书中列有系统图表，可资参考。
② 《隋书》卷27《百宫志中》。光迎之意不详，从当时地方官设置看，州没有"州都"，其下有光迎功曹、人，一、二等每级递减5 人，三等每级减2 人，至下下郡为103 人。郡府的规模按等级而定，在不改变其基本职能的情况下，曹数也可以增减。
秦汉的郡直接统属中央，郡府组织是依照中央三公府组织而对口设置的，既有对上负责的一面，又有督察属县的职责。东汉以后，郡统属于州，郡府组织则与州府组织对口设置，对下职责不变。
（三）县的主要长官及官府机构设置
自秦以来，县的主要长官就是令（大县）、长（小县），迄南北朝而未变。令长掌治一县，"皆掌治民，显善劝义，禁奸罚恶，理讼平贼，恤民时务，秋冬集课，上计于所属郡国"①。国家通过县来征敛赋税，募集兵源，推行政令、法令。历代县令长的职责不变，是"百里长吏，亲民之要"②，号称"亲民之官"。令长的职俸和级别视县的大小而定，高不过千石或五品（京县），低的只有三百石或八品。
令长之外还有丞、尉等佐贰官，号称"长吏"，与令长同为中央所任命，又号称"命卿"③。
丞、尉是秦时设置的，是县令长的主要助手，"丞署文书，典知仓狱。
尉主盗贼。凡有贼发，主名不立，则推索行寻，案察奸宄，以起端绪"④，虽为佐贰却各有所司。魏晋南北朝时，丞、尉废置不定，依据州郡长官一人主管的制度而不设副职。由于一人主管，身为县令长的秘书长的主簿的地位有所提高，逐渐成为重要的佐贰职而由中央任命。
县衙组织与郡府组织基本相同，据考证，在东汉时，令长、丞、尉之下有功、户、奏、辞、法、尉、决、兵、金、仓、水、集、塞等曹，还有主簿、廷掾、道桥掾、主设掾、录事史、祭酒、阁下书佐、阁下干、狱吏、骑吏、伍百、门士、街卒、县三老、孝者、梯者、力田等①。这些人是做具体工作的，称为"吏"或"小吏"，由本县长官任命本地人充当。他们各育所掌，以辅助县长官治理全县。吏属的多少，设曹多寡，一般视县的大小和事务繁简而定。在北齐时，"上上县令，属官有丞、中正、光迎功曹，光迎主簿，功曹，主簿，录事，及西曹、户曹、金曹、租曹、兵曹等掾，市长等员"②，共计有官属佐吏54 人，依三等九级依次递减，至下下县为29 人，有一定的编制。