继承西班牙和美洲领地的腓力二世，趁着葡萄牙在国王塞巴斯蒂安一世战死于对摩洛哥的三王之战后的继承危机，在1580年吞并葡萄牙组成伊比利亚联盟。这时，从欧洲到美洲的大西洋体系，与欧洲绕过非洲到亚洲的印度洋，太平洋体系，从郑智上合二为一。总之十六世纪见证了伊比利亚，尤其是西班牙对环大西洋体系的开创，建设和独占。
自从1580年西班牙吞并葡萄牙后一开始，腓力二世加强了对葡萄牙及其殖民地的管理，重新设置了许多机构确保西班牙的统治地位。但是为了拉拢葡萄牙人，基层行政管理，宗教事务，贸易等方面西班牙人允许葡萄牙原有的机构存在发展。这样使得联盟的大部分时间，葡萄牙人对西班牙统治的虽然有所不满，但是还是向西班牙王室寻求援助来维护自己力量。比如巴西殖民地的葡萄牙人从西班牙王室获得了捕猎鲸鱼的特权，发展了制油业；他们希望引进西班牙的ecomienda制度来解决黑人奴隶价格太高而劳动力不足的问题；他们还请求西班牙的贵金属能够流入巴西以解决殖民地经费问题。西班牙还设立了一些法律和机构填补了巴西法律和文化的空白。一系列措施一定程度上增强了葡萄牙及其殖民地的力量。
但是在十六世纪三十年代后期，腓力二世之后的国王为了加强控制，开始排斥葡萄牙机构和官员并用西班牙人代替。这些侵害自治权的行为引发了广泛的不满，加上三十年战争中的繁重赋税，葡萄牙人宣布摆脱西班牙统治。二十年后，西班牙人发现无力重新占领葡萄牙后，只好承认其独立地位。
伊比利亚联盟前期的确增强了葡萄牙的力量，葡萄牙的商船得到西班牙舰队的保护。不过自从十七世纪以后，双方矛盾日益激化，导致荷兰人趁虚而入，占领葡萄牙的马六甲，锡兰，并一度夺取巴西的巴伊亚的甘蔗种植园。
英国在1580-1640年间只在美国东海岸有弗吉尼亚，马萨诸塞等几个小块的殖民地，面积在当时比不过西葡。
十六世纪后期和十七世纪前期哈布斯堡王朝的西班牙还处于较松散的状态，在十八世纪波旁改革后才真正形成中阳极泉。所以是后者。