城市污染流向农村，而农村由于较为分散，又缺少基本的环保设施，难以集中处理。
马军表示，由于环保设施的缺乏和村民环保意识的落后，相当一部分农村垃圾处在随手丢、无人管的状态下。
相对而言，由于缺乏基本的污染物处理设施，工业污染影响将更深远。
“农村相对分散，如果产生了污染物，很难集中收集处理，比如污水，由于没有统一的污水处理厂，最后这些污水很可能没有得到应有的处理。”马军说，“一旦污染更加难以治理。”
权威数据显示，目前，全国4万多个乡镇，约60万个行政村，绝大多数缺乏环保基础设施。
除基础设施的缺失外，监管不到位亦是主要原因之一。
环境法专家中国政法大学教授王灿发表示，《环境保护法》同样适用于农村，关键是，农村环境问题是由县一级环保部门来监管，而县环保部门人员有限，往往监管不过来。“连城市环境都难以监管到位，更何况农村呢？”
此前，浙江、湖南多地县、市环保部门负责人就曾向记者表示，人员太少，检验设施缺乏，使得他们对于一些污染往往无能为力。 “我们环保工作人员去了，企业把污水处理设施打开，人一走，就关了，企业知道环保局不可能派人天天守在那，因为根本守不过来。”
资金亦是一个难题。农村环境治理需要大笔的资金，环保部从2008年开始实施“以奖促治”政策。治理农村环境，中央财政共安排农村环保专项资金40亿元，带动地方投入80多亿元，支持了6600多个村镇开展环境综合整治和生态示范建设，2400多万农村人口直接受益。
然而，120多亿元的农村环保资金对我国整个农村污染整治工作而言，仍是杯水车薪。环保部相关负责人曾算过一笔账，目前全国约60万个行政村，按照其中三分之一，即20万个行政村迫切需要治理，每个行政村治理需100万元，中央和地方各投资50%测算，中央财政就需要投入1000亿元。
受访时，王灿发、马军等专家纷纷表示，造成今天农村环保问题最主要的原因是重视不够，没有从源头上解决。受此前先发展后治理思想的影响，往往在出现苗头的时候没有处理好，最后酿成大错。“要解决上述问题需从三个方面发力：一是加强宣传引导，提高农民环保意识；二是构建保障机制，提高农村环境质量；三是杜绝工业污染，保障农村饮水安全。”
“尤其是工业污染，任何一个落户农村的企业，都要严格按照《环境保护法》去进行环境评估，邀请周边群众参与”马军说。“对于生产与生活污染，我们应加大农村环境保护的宣传力度，切实提高农民对环境保护重要性的认识和理解，引导他们清洁生产、文明生活。”