嘉靖二十七年（1548），严嵩接任首辅。从此至嘉靖四十一年（1562），他任内阁首辅长达十五年。嘉靖皇帝是一个极难侍候的主儿。真所谓伴君如伴虎，严嵩能在性情暴躁、恩威不测、果于刑戮的朱厚身边待上这么长时间实属不易。严嵩任首辅的这十五年，正是“南倭北虏”最为严重的时期，所有朝政基本上都围绕着这一南一北的边患展开。 “北虏”问题，即蒙古部落对明帝国北疆的威胁，自明初以来一直存在。到了嘉靖年间，尤其是嘉靖中期以后，北部边患达到了极点。俺答等部落连年入寇，山西、陕西、甘肃、北直隶等边境地区惨遭杀掠，京师几度戒严。对于“北虏”问题，严嵩采取了较为现实的态度。他认为当前敌强我弱，只宜防守，不宜出击。因而当曾铣及夏言等人主张收复河套时，他持反对意见。

嘉靖二十九年（1550）六月，俺答率数万铁骑入侵大同，明军抵挡不住。不久，俺答的部队到了古北口外，等待时机破关而入。俺答见古北口难以攻破，就抄小道从黄榆沟破墙入关，长驱直入，分兵劫掠密云、怀柔、三河、昌平等京东州县，京师戒严。随后，俺答进驻通州潞河东岸，窥视京师，举朝震恐。八月十九日，俺答自通州渡过白河，兵逼京师城下，要求朝廷准许其三千贡使进入京城，赐其币帛，然后解围。嘉靖皇帝极为恐慌，连忙召集首辅严嵩、大学士李本和礼部尚书徐阶进西苑商讨对策。

严嵩对倭寇的认识较为清醒，他认为倭寇是由于浙江、福建沿海居民下海通番谋利所致。其中只有很少一部分是真正的倭寇，而大部分是东南沿海的普通居民。因而他主张宽海禁。海禁一开，沿海居民可以合法地进行海外贸易，获取利益，就不会为乱了。很多以前的“海寇”也就转变为“海商”了。另一方面，他也认识到倭寇中确实有一部分是完全从事劫掠活动的，朝廷对这样一些贼寇要坚决打击。但数年来由于朝廷在派将领剿除倭寇时号令不一，事权不专，往往失利。严嵩推荐赵文华、胡宗宪等督师平倭，赋予他们专事权，以免受地方官掣肘。赵文华、胡宗宪等又先后网罗了一批将才，如戚继光、俞大猷、谭纶等人。嘉靖三十五年（1556）八月，浙江最大的倭寇首领徐海被杀，所部也被全歼，倭寇受到重创。嘉靖三十八年（1559）十一月，胡宗宪采取剿抚兼施的策略，将倭寇头子王直擒杀。至此，浙江一带的倭寇基本被肃清，倭寇活动的重点转移到闽粤沿海，但势力已大不如前了。在平定浙江的倭寇之乱后，赵文华、胡宗宪等加官晋爵，但他们没有忘记严嵩对他们的提拔之恩，因而把部分功劳归到了严嵩身上。赵文华对皇帝说，他和胡宗宪采取的策略，都是严嵩教给他们的。嘉靖皇帝因此嘉奖严嵩，令其兼领尚书俸禄。

唉。其实历史上的反面人物都被妖魔化了。比如秦桧。他创造的宋体流传至今。他的后代还是抗金英雄