“天之痕”名称源自于贯穿游戏的“赤贯星”。在游戏的一开始，陈靖仇因见到赤贯星感到惊讶，被师傅斥责大惊小怪，难担大任。实际上，赤贯星的出现将神州九天结界划开一个口子，这个现象就叫做“天之痕”，围绕这一事件，宇文拓和独孤宁珂明争暗斗，并将陈靖仇一行卷入。在游戏的最后，众人在赤贯星内部组成“失却之阵”，重建神州九天结界。

符鬼　　在本作中，新加入了符鬼系统。符鬼共五种（金、木、水、火、土），在游戏战斗中出现，不受敌方攻击，但可以攻击敌方。玩家可以通过炼妖壶捕捉怪兽喂养符鬼，符鬼从中学习该生物的部分技能（前提是与符鬼自身属性兼容）。符鬼的存档记录文件与游戏的存档文件相分离，即第二遍游戏可以使用上一次训练的符鬼。这一设计改进自其正传中一个系统。另外，游戏附带有一个符鬼喂养程序，类似电子宠物系统。符鬼还会在第一次进入有隐藏宝物的场景中从屏幕上飘过，提示玩家寻找隐藏宝物。不过在之后的轩辕剑系列中，符鬼并没有被保留。