人之能思虑计划者，魂之为也；能记忆辨别者，魄之为也。（《朱子语类》卷三）
人死之后，魂魄就成为“离乎人”的鬼神。《尚书.金滕》篇中“乃立坛墠”一节，朱熹认为“分明是对鬼”。“丕子之责”一句，朱熹认为只有晁以道解释为如史传中的“责其侍子”是正确的。其意思是说，上帝责令武王来服事左右，所以周公乞求代武王去死。周公的理由是：“我多才多艺，能事上帝。武王不若我多才多艺，不能事鬼神，不如且留他在世上，定你之子孙与四方之民”（《朱子语类》卷三）。其中“定你”的“你”，就是上帝。这句话的意思是说，不如留武王在世上安定上帝的子孙和民众。这和《尚书》中所说的天降下民，作君作师的意思完全一致，只是这里更明确地讲出，所谓“天降下民”，就是说，下民是上帝的子孙。至少一部分是上帝的子孙。
人死气散，但也有不立即消散的。其原因，或是因为冤恨，或是因为凶死。这样的鬼就可能为妖为怪：
神只之气常屈伸而不已，人鬼之气则消散而无余矣。其消散亦有久速之异。人有不伏其死者，所以既死而此气不散，为妖为怪。如人之凶死，及僧道既死，多不散。（《朱子语类》卷三）
然亦有死而未遂散者，亦有冤恨而未散者。然亦不皆如此，亦有冤死而魂即散者。（《朱子语类》卷八十七）
但时间长久，这些鬼魂之气终究还是要散的。所以古代的许多厉鬼如伯有等，后世就不见了。
但是对于祖先来说，虽然年代久远，气之有无不可知，但祭祀者既是他的子孙，就有感通之理。祖先的魂灵，还往往会依附在子孙身上：
今世之附著生人而说话者甚多，亦有祖先降神于其子孙者，又如今之师巫，亦有降神者。盖皆其气类之相感，所以神附著之也。《周礼》祭墓则以墓人为尸，亦是此意。（《朱子语类》卷九十）
其它鬼神，也有各自不同的表现。他们的气，也会和人感应：“汉武李夫人祠云：‘其风肃然’。今乡村有众户还赛祭享时，或有肃然如阵风，俗呼为‘旋风’者，即此意也”（《朱子语类》卷六十三）。他认为，这些都是《中庸》所说的鬼神盛德的表现。几乎一切世俗的降神现象，都可以在朱熹那里得到合理地解释。
朱熹还以距他较近的现象为例，来说明鬼神的盛德。他说刘元城死时，“风雷轰于正寝”，云雾弥漫。不多时云雾消散，刘已端坐而死。有人问，这是不是他的忠诚感动了天地？朱熹回答说：“只是元城之气自散尔。他养得此气刚大，所以散时如此”（《朱子语类》卷三），而这也就是《礼记》上说的“其气发扬于上，为昭明、焄蒿、凄怆”。还有张栻的父亲张浚，在四川作军队主帅时，到二郎神庙去祭祀。这本来是为李冰立的庙，后来宋徽宗封为“真君”。张祭后，夜间梦见神对他说，过去封我为王，用肉食祭我，所以能作威作福。现在封为真君，就只有素食，我也就没有灵威了。请仍旧封我为王。于是张浚就向皇帝上书讨封。朱熹说，不知此梦是真，还是张浚的假托。不论如何，现在每年到二郎庙祭祀的，要“杀数万来头羊，庙前积骨成山，州府亦得此一项税钱”。二郎神和梓潼神一起，“似乎割据了两川”。之所以要用活物去祭祀它们，乃是因为它们要借这生气以为灵验：“大抵鬼神用生物祭者，皆是假此生气为灵”（《朱子语类》卷三）。朱熹还说，古代衅钟，就是这个意思。
儒教的祭祀原则，是“神不歆非类，民不祀非族”，因为祭祀无非是气类相感，而气相感应的原则是必须同类。儒礼又规定，天子祭天，诸侯祭境内山川，大夫祭五祀，那么，这些祭者和被祭者的气，是否也可以相互感应呢？首先朱熹认为，古代圣人制订了这些祭祀，就是有这些神灵存在。比如门、户、灶等五祀：
五祀。……古圣人为之祭祀,亦必有其神。（《朱子语类》卷九十）
其它由礼制所规定的祭祀，都可以以气相互感应：
所以“神不歆非类，民不祀非族”，只为这气不相关。如“天子祭天地，诸侯祭山川，大夫祭五祀”，虽不是我祖宗，然天子者天下之主，诸侯者山川之主，大夫者五祀之主。我主得他，便是他气又总统在我身上，如此便有个相关处。（《朱子语类》卷三）
I

“祭如在，祭神如神在”。如天子则祭天，是其当祭，亦有气类，乌得而不来歆乎！诸侯祭社稷，故今祭社亦是从气类而祭，乌得而不来歆乎！今祭孔子必于学，其气类亦可想。（《朱子语类》卷三）
所谓“可想”，就是说，可据以上道理推出，学校祭孔，是由于学者之气和孔子相类，孔子之神也一定会来歆享。
鬼神的作用，在人事中有什么表现呢？《朱子语类》卷三十四载：
问：“‘子不语怪力乱神’。《集注》言：‘鬼神之理，难明易惑，而实不外乎人事’。鬼神之理，在人事中如何见得？”
曰：“鬼神只是二气之屈伸往来。就人事中言之，如福善祸淫，便可以见鬼神道理。（《朱子语类》卷三十四）
那么，人只有行善，才可以得到鬼神的福佑。所谓行善，依朱熹看来，也就是求仁，就是存天理，就是复性。
朱熹作为一个儒者，他有祭孔、祭先贤的权利和义务。他对孔子的祭祀，我们已经作了介绍。作为一个国家官吏，他又有祭山川及有关神灵的权利和义务。其《准赦谒诸庙文》说，我奉天子诏命，来祭祀你这载于祀典之神：“惟尔有神，尚克膺天子丕显休命”。《请雨谒北山神文》，请北山神以自己的灵威，消除这“风雨水旱疠疫之不时”。其《春祈谒庙文》，请求神灵使阴晴适时，“俾无水旱螟螣之灾”。其《秋赛谒庙文》说，今年虽然有水旱之灾，但还颇有所收，这“实神有以佑之”。其《谒庙文》说，我抱病在身，已不堪为官，但天子不弃，让我到这里管事，怕有负使命。而“惟神受职明廷，以食兹土，其与命吏，忧责惟均”。所以他希望神灵能和自己相互配合，“使民安于下，官给于上”。其《广佑庙祈雨文》中，沉痛诉说了大旱如火的情况，说三日内若还不降雨，就将颗粒不收。那时，年老的将被饿死，少壮的将沦为盗贼。他希望神灵能够哀怜下民，降下雨水。若三日内还不降雨，“则是大王终弃绝之，熹等退而恐惧，以待诛殛，不敢复进而祷矣”。其《广佑庙谢雨文》说，百姓们拜于庙下，第二日就降了雨，所以他作这篇祭文，以报谢神的恩惠。在又一篇《祈雨文》中，朱熹威胁该神说：“若三日不雨，雨而不周且浃于四封。惟天聪明。吾恐神之不得安其室。”其《谒社稷文》道：
社稷之神，实司民命。故先王之法，以民为贵，社稷次之。而牧民者，其重不得班焉。肆我国家稽古立制，使凡为守令者，始至，则亲谒于其祠所。其所以爱民敬神之意厚矣。熹恭承圣诏，来守此邦。式举旧章，尚祈昭鉴。
在这篇祭文中，我们不仅看到了朱熹如何忠实地履行了他作为国家官吏的义务，也看到了当时的国家系统如何又是一个宗教的组织系统。国家官吏是如何和神灵一道，履行着为上帝牧民的责任。
国家所祭的神灵，不仅有山川社稷，还有历代帝王、忠臣义士。朱熹《准即位赦祭神文》道，新天子即位，“咸与维新。虔命有司，式稽旧典。岳只川后，若古帝王义士忠臣，悉严祀事”，并希望他们“永佑我民，以对休命”。也就是说，古代的帝王、义士忠臣，也是后来国家的神灵。他们和日月山川社稷之神一样，也能福善祸淫，保佑下民。
《朱文公文集》中还有数篇祭土地文。大约当时土地神的祭祀已很普遍。所以朱熹说：“天不可祭，而土神在民亦可祭”（《朱子语类》卷九十）。不过这个土神是小神，不是皇天后土那样的大土神。此外，朱熹认为，一般民众也可祭祀灶神：“人家饮食所系，亦可祭”（同上）。而从他讥讽一些人“斟一杯酒，盛两个饼”就要祭上帝的话看来，当时也有普通人祭祀上帝的。但这样的祭祀不仅为儒教礼制所不允许，朱熹也没有认为这样作是可以的。但是从朱熹认为民众可祭土地和灶神来看，儒教的祭祀权利已经有了下移。原来只有上层可以祭祀的神灵，逐渐成为一般民众都可祭祀的神灵，也是社会的一种进步。