这部书有太多令人费解的情节，个人觉得最难懂的地方是以下两个：
1、第三部结尾赵二林说的那些话是什么意思
2、最后结局住在医院的李胜利是怎么回事
1、要想搞清楚赵二林的话，不看第四部是弄不懂的。我在反反复复看了几遍后，有种突遭雷劈的感觉，那就是整个第三部关于赵雅君29年的大段记忆故事叙述本身就是个大坑！！从这部分故事得到的所有信息都是不可信的，至少关于赵雅君自己的部分是不可信的。陈独秀作为非复制人的本尊告诉复活后的“赵雅君”（赵成）的信息都是真的，因为他确认29年前死去并现在复活了的“赵雅君”是深井的领袖。但这并不代表陈独秀“转交”给“赵雅君”的记忆是真实的，因为这部分及时是被修稿和删减过的，这一点很多读者都知道了。所以，我们无需纠结于到底是不是赵亚军强奸了自己的妹妹，也无需纠结于C1是不是林虎。那么是谁修改和删减了这部分记忆呢？
首先，我们搞明白一点，那就是真正的赵雅君的生命和记忆是连续的，没有中断、修改和删减过。这个真正的赵雅君是哪个呢，就是躺在神山里那个干尸似地老头子。他的自我意识和记忆是完整的，人格是具有黑暗面的。也就是说真正的赵雅君干过强奸自己妹妹、绑架徐妮（雨巧）做实验、报复徐司令和其妻子（特务勾三）等一些列坏事的。神山的赵雅君光影只是赵雅君去掉恶的一面所故意呈现出来的“善”的化身。有些读者包括我也相信过赵雅君在三局深井曾自杀过，后被神山八局所救，成为八局领袖云云。而本人仔细思考后，觉得这其实也可能是一个骗局。如果单从第三部赵雅君回忆看来，其自杀等情节也许是假的、杜撰的。但结合非复制人陈独秀的叙述，可知赵雅君确实在神山对深井的肃反中自杀过。只是这个自杀现在看起来更像是作秀，只是赵雅君为脱离深井回到神山所施的障眼法。陈独秀应该是被骗过了。否则，按逻辑敌对的神山和深井怎么会挖对方的首脑做自己的领袖呢？只能说真正的赵雅君本来就是神山的人（或是首脑）。
其次，赵雅君为什么在离开深井前要留下一段被处理过的记忆，由29年后复活的赵二君（赵成）来继承呢？这就和神山要发动最终控制的目的有关了。从第四部可知，神山需要通过研究最终控制与关联控制碰撞结果，来进一步研究始源体替代的问题。而神山自己没有时间重新培育一个关联控制。所以，神山一直默许深井对关联控制的研究，并需要其在自己的掌握中。而最终发动关联控制的深井主脑人选则是神山对深井这种默许和控制行动的关键。那么，还有谁比神山8局首脑赵雅君的替身更合适的呢？一个洞悉一切的“我”，打败一个被故意造成记忆缺失和人格分裂的“我”，是多么完美的计划呀。所以，篡改真正赵雅君记忆的正是赵雅君自己。他将一份处理过的记忆通过王太岁复制，移植到了赵二君（赵成）的体内，使其误以为自己是复活了的真正的赵雅君。这个赵二君带着错误的记忆、带着仇恨、带着对雨巧无法摆脱的爱恨情仇，发动了关联控制，其站上神山VS深井PK台上的一刻就注定了他是输的那个。
第三，赵二林为什么什么都知道？
请看原文的对话：“我盯着赵二林的眼睛，问道：“那你是谁？”赵二林笑了笑，眼中闪出一丝光芒，说：“你说呢？”那我是谁！我最后无力的喊了一声。
我们可以想象一个场景：有一天突然有人跟你说你不是”自己”，而且说了一些作为“自己”应该知道却不知道的事情。你懵了，于是你问：你是谁（潜台词是你怎么知道这些连我都不知道的关于“自己”的事情）而他神秘的说：你说呢？ 你第一反应是什么？当然是他才是真正的“自己”。所以当确定这个“自己”的身份已不属于自己后，你才会无力的喊了一声：那我是谁！（潜台词是那既然你是我，那我到底是谁？）
所以，赵二林应该被叫做赵三君，或者真正的赵二君！他才是继承了赵雅君真正记忆，并知悉赵雅君代表的神山计划的赵雅君替身！大家不要纠结于赵二林是赵德民，是赵成父亲等等情节，别忘了，第三部中，只要是由“赵雅君”回忆讲诉的关于“赵雅君”记忆中的故事都是不可信的！什么A3强奸妹妹、703监狱遇到林虎、厐怡巧离开了赵雅君跟了赵德民这些记忆，都可能是假的！当然，同样的林虎存不存在，也都好解释了。C1老虎应该一直就是老虎，和被修改的记忆中讲诉的那个林虎根本就没啥关系。
至此，我试着回答第一个问题：赵二林实际上是赵雅君真正的替身，他在赵雅君本体回归神山后，继续潜伏在深井，观测、影响着关联控制的进程，也影响着作为错误记忆继承者的赵成的表现和归宿。
2、这个开放式的结尾确实是像无底洞一样的深坑。好多读者都讨论过其意义。我的想法很简单，也很理想。我觉得，在这场意识与物质的斗争中，赢家既不是深井也不是神山，而是始源体。它进化了！其最终形态就是拥有吞噬太岁的身体（张清风的身体）和升华了的意识（李胜利与雨巧精神的结合体——那道白光）。很多读者包括我都认为那道白光是爱，真爱无敌，那我们就要思考了：爱是什么？太复杂的意识形态问题我们不过多探讨，也说不明白，我只是提醒大家至少“爱”属于精神世界，不属于物质世界，这与始源体可是统一的。始源体的“阴谋”是利用深井研发的关联控制控制所有太岁人，首先利用他们消灭人类（参见关联控制发动后“赵雅君”的命令），再消灭所有太岁人，收回所有的自我意识，最后赋予一种新的生命形式以自我意识，达成一个新的世界。而作为斗争转折点的李胜利与雨巧二人的爱，冲破了自我意识的束缚，成为了一种更为强大的精神力量（力克关联、最终两种控制力量）。这种力量应该是构成了始源体新的“想法”或进化，使其带有人类的爱，不再以消灭人类作为目标。这也是为什么这一阶段的斗争过后，世界安然无恙的原因。而这份精神力量，则很有可能附着在了消失在老始源体内部的张清风的身体上（张清风具有赋予别人自我意识的能力），而成为了新的始源体，新的神！！那么原来的张清风意识则转化为浅层意识（拥有赵雅君、李胜利、张清风等等很多关联人物的记忆，只不过是浅层的、书面化的），丢给了没有用处的李胜利的身体。所以这个在医院的“李胜利”，会利用自身的潜层意识梦到这个庞大事件中，有关于很多关联人物的记忆，使之成为自己讲给护士的种种故事。所以，我认为，这个“李胜利”等不到那道白光的回归了，因为那道白光已经与吞噬太岁的身体相结合，成为神了。而他，只能作为一个梦呓一般的讲述者，给世人讲诉他们绝不会相信的故事......