随着技术上的不断进,银河级最终被元首级取代。该级别星舰的特点是先进的器,曲速推进以及电脑处理信息的能力。该级别的星舰中最著名的是有让-卢克 皮卡德上校所指挥的联邦星舰进取号-E(Star Trek: First Contact)
另一种非常著名的星舰就是无畏级星舰。它所服役的时间要比元首级早,但远比银河级先进。无畏级曾经多次证明自己的性能远远超过其设计所期望达到的要求,在2371年由凯瑟琳 珍妮薇上校所指挥的联邦星舰航海家号被传送至尚未探索过的德尔塔象限深处,距离联邦领空近70000光年。 在那七年中该船从没得到任何来自星际舰队的补给以及支持,但该船还是成功支持了凯瑟琳 珍妮薇以及她的船员穿过从未有星际舰队船员接触过的危险地带,并且于2378年最终成功回到了联邦领空。(Star Trek: Voyager)
还有一些值得大家了解的星舰分别是:光明级、新星级、奥林匹克级、挑战级以及试验中的普罗米修斯级。其中挑战级和普罗米修斯级是专门设计为用来交战的。(DS9: "The Search, Part I"; VOY: "Message in a Bottle")而奥林匹克级则是被设计成能在特殊情况下当做级紧急移动医疗中心来使用。(DS9: "Sacrifice of Angels", "In the Pale Moonlight", "Image in the Sand", "The Siege of AR-558", "What You Leave Behind"; TNG: "All Good Things...")
其他类型的船只
除了星舰,还有其他类型的船只在星际舰队中服役,包括好几种类型的穿梭机,它们被用来在相对短的距离里运送人员,列入从一艘环绕一颗行星飞行的星舰上降落到行星表面。(ENT: "Chosen Realm", et al.)
在公元23和24世纪时星际舰队的穿梭机具备了一定的曲速航行能力,这意味着穿梭机能将所搭载人员运送之距离星舰好几光年的范围之外。(VOY:"Initiations", "Tsunkatse", "Good Shepherd")
时空舰
从公元29世纪星际舰队干涉公元24世纪的实例中可以看出,星际舰队的一些船只被用来进行时间旅行。在公元29世纪星际舰队还背负了另一个使命:保护其时间线不被破坏。参与到这项任务的船只具有穿越时空的能力。这种类型的船只被称为时空舰。
这种类型的船只包括威尔士级以及Aeon型。
运作准则
星际舰队同样还有一些准则,被称为星际舰队运行准则。这些准则支配了星际舰队各个方面的运作,涵盖了其成员从日常行为准则到第一次与位未知族接触几乎所有可能遇到的情况。
在这其中一号准则是最重要的,但它经常被称为最高指导原则。
并不是所有的准则都是公开写在运行守则手册上的。至少有一条叫做欧米伽指令的条列是最机密最优先的命令,而且只有上校以上军衔的人才会知情。这项指令中所包含的内容是极其复杂并充满危险性的任务。(VOY: "The Omega Directive")