基拉·大和由于种种原因被强征入伍，为保护朋友和大天使号，开始了战斗。脱离崩坏的赫里奥波里斯的大天使号选择前往友军的军事卫星阿尔特弥斯要塞，但这个行动被拉乌识破，并针对大天使号的路线立下了行动方案。大天使号在逃脱的路上遭到扎夫特军的追击，基拉艰难地将扎夫特部队击退。
艰难地摆脱了ZAFT军的追击的大天使号逃入阿尔特密斯要塞，然而在这里等待着他们的是友军士兵的枪口。虽然同在地球联合内，但玛琉等人所属的是大西洋联邦，而阿尔特密斯要塞则是欧亚联邦的势力范围。想要获取高达的机密的阿尔特密斯要塞司令加尔西亚软禁了大天使号上的成员。与此同时，克鲁泽队的尼科尔利用自己驾驶的迅雷高达特有的“海市蜃楼系统”破坏了阿尔特弥斯要塞的全周围光波防御带发生系统，基拉趁隙驾驶强袭高达出来迎战。但决战高达及暴风高达此时已开始对要塞展开攻击。在大天使号逃离之后，曾经夸称“难攻不落”的阿尔特弥斯要塞开始崩坏。
SD敢达大作战的阿尔特密斯战役共有20场普通战和4场BOSS战，本场战役普通战分别是无声的迫近1-4、大天使追击战1-4、新型破坏作战1-2、阿尔特密斯撤退战1-5、敌机发现、海市蜃楼胶质系统、消失的敢达1-3。
第一场BOOS战玩家将对阵穆·拉·弗拉格的莫比乌斯零式及三台莫比乌斯。三台莫比乌斯不足为虑，但是穆的莫比乌斯零式战斗力强大，机动性也高，在玩家行动前就能进行攻击。

第二次BOOS战分为两次战斗，第一次玩家将迎战两台莫比乌斯和一台强袭短剑，击退第一波后玩家更要面对最强的调整者——基拉·大和，难度之大可想而知。

第三场BOOS战面对的是扎夫特红衣伊扎克·玖尔的决斗敢达以及迪亚哥·艾尔斯曼暴风敢达。对阵扎夫特名将，玩家务必小心。

第四场BOOS战首先对阵两台金恩，然后再对阵3台金恩和一台尼哥尔·阿玛菲的迅雷敢达。金恩战斗力较弱但是数量多，迅雷在半血以下时攻击力会提升。所以还是需要小心的。

经过阿尔特密斯宙域战役，敢达玩家们可以逐渐了解到地球联合军并不是像表面上那么团结。通过游戏回顾高达剧情，真是一个不错的方式呢。