十三年，为太原留守，郡丞王威、武牙郎将高君雅为副。群贼蜂起，江都阻绝，太宗与晋阳令刘文静首谋，劝举义兵。俄而马邑校尉刘武周据汾阳宫举兵反，太宗与王威、高君雅将集兵讨之。高祖乃命太宗与刘文静及门下客长孙顺德、刘弘基各募兵，旬日间众且一万，密遣使召世子建成及元吉于河东。威、君雅见兵大集，恐高祖为变，相与疑惧，请高祖祈雨于晋祠，将为不利。晋阳乡长刘世龙知之，以告高祖，高祖阴为之备。

五月甲子，高祖与威、君雅视事，太宗密严兵于外，以备非常。遣开阳府司马刘政会告威等谋反，即斩之以徇，遂起义兵。甲戌，遣刘文静使于突厥始毕可汗，令率兵相应。六月甲申，命太宗将兵徇西河，下之。癸巳，建大将军府，并置三军，分为左右：以世子建成为陇西公、左领大都督，左统军隶焉；太宗为敦煌公、右领大都督，右统军隶焉。裴寂为大将军府长史，刘文静为司马，石艾县长殷开山为掾，刘政会为属，长孙顺德、刘弘基、窦琮等分为左右统军。开仓库以赈穷乏，远近响应。秋七月壬子，高祖率兵西图关中，以元吉为镇北将军、太原留守。癸丑，发自太原，有兵三万。丙辰，师次灵石县，营于贾胡堡。隋武牙郎将宋老生屯霍邑以拒义师。会霖雨积旬，馈运不给，高祖命旋师，太宗切谏乃止。有白衣老父诣军门曰：“余为霍山神使谒唐皇帝曰：‘八月雨止，路出霍邑东南，吾当济师。’高祖曰：“此神不欺赵无恤，岂负我哉！”八月辛巳，高祖引师趋霍邑，斩宋老生，平霍邑。丙戌，进下临汾郡及绛郡。癸巳，至龙门，突厥始毕可汗遣康稍利率兵五百人、马二千匹，与刘文静会于麾下。隋骁卫大将军屈突通镇河东，津梁断绝，关中向义者颇以为阻。河东水滨居人，竞进舟楫，不谋而至，前后数百人。

九月壬寅，冯翊贼帅孙华、士门贼帅白玄度各率其众送款，并具舟楫以待义师。高祖令华与统军王长谐、刘弘基引兵渡河。屈突通遣其武牙郎将桑显和率众数千，夜袭长谐，义师不利。太宗以游骑数百掩其后，显和溃散，义军复振。丙辰，冯翊太守萧造以郡来降。戊午，高祖亲率众围河东，屈突通自守不出，乃命攻城，不利而还。文武将吏请高祖领太尉，加置僚佐，从之。华阴令李孝常以永丰仓来降。庚申，高祖率军济河，舍于长春宫。三秦士庶至者日以千数，高祖礼之，咸过所望，人皆喜悦。丙寅，遣陇西公建成、司马刘文静屯兵永丰仓，兼守潼关，以备他盗。太宗率刘弘基、长孙顺德等前后数万人，自渭北徇三辅，所至皆下。高祖从父弟神通起兵鄠县，柴氏妇举兵于司竹，至是并与太宗会。郿县贼帅丘师利、李仲文，盩厔贼帅何潘仁等，合众数万来降。乙亥，命太宗自渭汭屯兵阿城，陇西公建成自新丰趣霸上。高祖率大军自下邽西上，经炀帝行宫园苑，悉罢之，宫女放还亲属。

冬十月壬申朔，日有蚀之。李密率众来降。封皇从父弟襄武公琛为襄武王，黄台公瑗为庐江王。癸巳，诏行傅仁均所造《戊寅历》。十一月己酉，以京师谷贵，令四面入关者，车马牛驴各给课米，充其自食。秦王大破薛仁杲于浅水原，降之，陇右平。乙巳，凉王李轨僭称天子于凉州。诏颁五十三条格，以约法缓刑。十二月壬申，加秦王太尉、陕东道大行台。丁丑，封上柱国李孝常为义安王。庚子，李密反于桃林，行军总管盛彦师追讨斩之。
　　二年春正月乙卯，初令文官遭父母丧者听去职。黄门侍郎陈叔达兼纳言。二月丙戌，诏天下诸宗人无职任者，不在徭役之限，每州置宗师一人，以相统摄。丁酉，窦建德攻宇文化及于聊城，斩之，传首突厥。闰月辛丑，刘武周侵我并州。己酉，李密旧将徐世绩以黎阳之众及河南十郡降，授黎州总管，封曹国公，赐姓李氏。庚戌，上微行都邑，以察氓俗，即日还宫。甲寅，贼帅朱粲杀我使散骑常侍段确，奔洛阳。

夏四月乙巳，王世充篡越王侗位，僭称天子，国号郑。辛亥，李轨为其伪尚书安兴贵所执以降，河右平。突厥始毕可汗死。五月己卯，酅国公薨，追崇为隋帝，谥曰恭。六月戊戌，令国子学立周公、孔子庙，四时致祭，仍博求其后。癸亥，尚书右仆射裴寂为晋州道行军总管，以讨刘武周。秋七月壬申，置十二军，以关内诸府分隶焉。王世充遣其将罗士信侵我谷州，士信率其众来降。西突厥叶护可汗及高昌并遣使朝贡。

　九月辛未，贼帅李子通据江都，僭称天子，国号吴。沈法兴据毗陵，僭称梁王。丁丑，和州贼帅杜伏威遣使来降，授和州总管、东南道行台尚书令，封楚王。裴寂与刘武周将宋金刚战于介州，我师败绩，右武卫大将军姜宝谊死之。并州总管、齐王元吉惧武周所逼，奔于京师，并州陷。乙未，京师地震。

冬十月己亥。封幽州总管罗艺为燕郡王，赐姓李氏。黄门侍郎杨恭仁为纳言。杀民部尚书、鲁国公刘文静。乙卯，讨刘武周，军于蒲州，为诸军声援。壬子，刘武周进围晋州。甲子，上亲祠华岳。十一月丙子，窦建德陷黎阳，尽有山东之地。淮安王神通、左武候大将军李世绩皆没于贼。十二月丙申，永安王孝基、工部尚书独孤怀恩、总管于筠为刘武周将宋金刚掩袭，并没焉。甲辰，狩于华山。壬子，大风拔木。

三年春正月辛巳，幸蒲州，命祀舜庙。癸巳，至自蒲州。甲午，李世绩于窦建德所自拔归国。建德僭称夏王。二月丁酉，京师西南地有声如山崩。庚子，幸华阴。工部尚书独孤怀恩谋反，伏诛。三月癸酉，西突厥叶护可汗、高昌王曲伯雅遣使朝贡。突厥贡条支巨鸟。己卯，改纳言为侍中，内史令为中书令，给事郎为给事中。甲戌，内史侍郎封德彝兼中书令。封贼帅刘孝真为彭城王，赐姓李氏。

秋七月壬戌，命秦王率诸军讨王世充。遣皇太子镇蒲州，以备突厥。丙申，突厥杀刘武周于白道。冬十月庚子，怀戍贼帅高开道遣使降，授蔚州总管，封北平郡王，赐姓李氏。
　　四年春正月丁卯，窦建德行台尚书令胡大恩以大安镇来降，封定襄郡王，赐姓李氏。辛巳，命皇太子总统诸军讨稽胡。三月，徙封宜都王泰为卫王。窦建德来援王世充，攻陷我管州。
　　夏四月甲寅，封皇子元方为周王，元礼为郑王，元嘉为宋王，元则为荆王，元茂为越王。初置都护府官员。五月己未，秦王大破窦建德之众于武牢，擒建德，河北悉平。丙寅，王世充举东都降，河南平。秋七月甲子，秦王凯旋，献俘于太庙。丁卯，大赦天下。废五铢钱，行开元通宝钱。斩窦建德于市；流王世充于蜀，未发，为仇人所害。甲戌，建德余党刘黑闼据漳南反。置山东道行台尚书省于洺州。八月，兖州总管徐圆朗举兵反，以应刘黑闼，僭称鲁王。

　冬十月己丑，加秦王天策上将，位在王公上，领司徒、陕东道大行台尚书令；齐王元吉为司空。乙巳，赵郡王孝恭平荆州，获萧铣。十一月甲申，于洺州置大行台，废洺州都督府。庚寅，焚东都紫微宫乾阳殿。会稽贼帅李子通以其地来降。十二月丁卯，命秦王及齐王元吉讨刘黑闼。壬申，徙封宋王元嘉为徐王。

五年春正月丙申，刘黑闼据洺州，僭称汉东王。三月丁未，秦王破刘黑闼于洺水上，尽复所陷州县，黑闼亡奔突厥。蔚州总管、北平王高开道叛，寇易州。
　　夏四月庚戌，秦王还京师，高祖迎劳于长乐宫。壬申，代州总管、定襄郡王大恩为虏所败，战死。六月，刘黑闼引突厥寇山东。置谏议大夫官员。秋七月丁亥，吴王伏威来朝。隋汉阳太守冯盎以南越之地来降，岭表悉定。八月辛亥，以洺、荆、并、幽、交五州为大总管府。改封恒山王承乾为中山王。葬隋炀帝于扬州。丙辰，突厥颉利寇雁门。己未，进寇朔州。遣皇太子及秦王讨击，大败之。
　　冬十月癸酉，遣齐王元吉击刘黑闼于洺州。时山东州县多为黑闼所守，所在杀长吏以应之。行军总管、淮阳王道玄与黑闼战于下博，道玄败没。十一月甲申，命皇太子率兵讨刘黑闼。丙申，幸宜州，简阅将士。十二月丙辰，校猎于华池。庚申，至自宜州。皇太子破刘黑闼于魏州，斩之，山东平。

六年春正月，吴王杜伏威为太子太保。二月辛亥，校猎于骊山。三月乙未，幸昆明池，宴百官。
　　夏四月己未，旧宅改为通义宫，曲赦京城系囚，于是置酒高会，赐从官帛各有差。癸酉，以尚书右仆射、魏国公裴寂为左仆射，中书令、宋国公萧瑀为右仆射，侍中、观国公杨恭仁为吏部尚书。秋七月，突厥颉利寇朔州，遣皇太子及秦王屯并州以备之。
　　八月壬子，东南道行台仆射辅公祏据丹阳反，僭称宋王，遣赵郡王孝恭及岭南道大使、永康县公李靖讨之。丙寅，吐谷浑内附。九月丙子，突厥退，皇太子班师。改东都为洛州。高开道引突厥寇幽州。冬十月，幸华阴。
　　十一月，校猎于沙苑。十二月乙巳，以奉义监为龙跃宫，武功宅为庆善宫。甲寅，至自华阴。

夏四月，造太和宫于终南山。六月甲子，幸太和宫。突厥寇定州，命皇太子往幽州，秦王往并州，以备突厥。八月，并州道总管张公谨与突厥战于太谷，王师败绩，中书令温彦博没于贼。九月，突厥退。冬十月辛巳，幸周氏陂校猎，因幸龙跃宫。十一月辛卯，幸宜州。庚子，讲武于同官县。改封蜀王元轨为吴王，汉王元庆为陈王。加授秦王中书令，齐王元吉侍中。天策上将府司马宇文士及权检校侍中。十二月辛酉，至自宜州。
　　九年春正月丙寅，命州县修城隍，备突厥。尚书左仆射、魏国公裴寂为司空。
　　二月庚申，加齐王元吉为司徒。戊寅，亲祠社稷。三月辛卯，幸昆明池。夏五月辛巳，以京师寺观不甚清净，诏曰：
　　释迦阐教，清净为先，远离尘垢，断除贪欲。所以弘宣胜业，修植善根，开导愚迷，津梁品庶。是以敷演经教，检约学徒，调忏身心，舍诸染著，衣服饮食，咸资四辈。

九年五月庚子，高祖大渐，下诏：“既殡之后，皇帝宜于别所视军国大事。其服轻重，悉从汉制，以日易月。园陵制度，务从俭约。”是日，崩于太安宫之垂拱前殿，年七十。群臣上谥曰大武皇帝，庙号高祖。十月庚寅，葬于献陵。高宗上元元年八月，改上尊号曰神尧皇帝。天宝十三载二月，上尊号神尧大圣大光孝皇帝。