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目前无害化处理还存在很多的问题，大体上分为以下几点：
1法律意识淡薄
2无害化处理技术差
3人员机制不完善
4无害化处理不规范
5基层动物疫病防控意识不强， 思想认识不够
6缺少统一的无害化处理地点和设施
7屠宰加工厂无规范有效的无害化处理设施
8病死畜禽无害化处理所需费用得不到保障
针对这些问题，我们要做到以下几点：
1建立和规范收集处理制度， 规范处理方法
2完善无害化处理技术和设备
3严格按照无害化处理要求执行， 妥善处理
4落实无害化处理经费