个人觉得，小无相功，没有什么缺陷。
当然，像鸠摩智这样，没有练成全套，遇到此类高手，自然难免相形见拙。
其实鸠摩智一身隐患，还是强练少林绝技所致。
三联版，鸠摩智的疾病，有两种原因：
1是先练绝技，后练易筋经，本末倒置；2是【尽练】少林绝技。
新修版，鸠摩智的疾病，则只剩下一种原因：【欲融会贯通，将数项绝技并而为一】。
原文：那老僧又道：“明王若只修习少林派七十二项绝技的使用之法，其伤隐伏，虽有疾害，一时之间还不致危及本元。可是明王此刻‘承泣穴’上色现朱红，‘闻香穴’上隐隐有紫气透出，‘颊车穴’筋脉震动，种种迹象，显示明王在练了少林七十二项绝技之后，【又欲融会贯通，将数项绝技并而为一】……”
少林七十二绝技，有两大弊端：
一、不可【尽练】；二，不可【强练】。
【强练】代表，玄澄、萧远山、慕容博，这个，我们就不多说了。
【尽练】代表，鸠摩智。
原文：【“降魔掌”】为少林寺第八代方丈元元大师所创，【出掌轻柔，若有若无】。【“摩诃指法”】则是在少林寺挂单四十年的七指头陀所创，因系外来头陀，功法与少林派传统功夫大不相同，【纯走刚猛路子】，【书中谆谆告诫，凡已练少林佛门柔功者决不可练，否则内息极易走岔，如师承照护不善，难免呕血，重伤难治】。
原文：少林七十二门绝技有的专练，有的专练轻功，有的以拳掌见长，有的以暗器取胜，或刀或棒，每一门各有各的特长，【使剑者不能使禅杖，擅大力神拳者不擅收发暗器，精于腿上功夫的，拳掌之道不免稍逊】。
原文：他……【他自己为什么不一起都练？为什么只练数种】，却将七十二门绝技的秘诀都送了给我？
我们以降魔掌与摩诃指法为例，少林72绝技，每一项，都有其自身内功心法。
鸠摩智即便通过小无相功驾驭此两项绝技，但真气运行的路线，却是以绝技本身为主，这就造成了真气路线的互冲，也就是楼主上一篇帖子提到的【两功互冲】。
绝技练得越多，【功功互冲】越频繁。好在小无相功奥妙非常，用扫地僧的话说：明王若只修习少林派七十二项绝技的使用之法，其伤隐伏，虽有疾害，一时之间还不致危及本元。
虽然鸠摩智后来自己也提到了小无相功的问题：以小无相功为基，误练少林派七十二绝技，佛道两派武功本有抵触！
其实呢，造成一身疾病的原因，小无相功不是主因。