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以思想、言论入罪，孔子绝不是第一个，商汤、周文王、周公旦，那都是上古的贤人，该杀的时候决不手软。但杀人的理论，的确由此完备。
心达而险、行僻而坚、言伪而辩、记丑而博、顺非而泽，从这些罪名来看，其实只有一条，就是思想反动，和官方意见不保持一致。南辕北辙，因为思想反动，所以知识广博、善于辩论、坚韧刚强都只会助长反动思想的传播，所以这样的人越是知识广博、越是善于辩论、越是坚韧刚强对社会破坏就越大，就越是该杀。
盗、奸之属，为害一时，却不会扰乱为政的根本，而且罪恶彰显，人人明白，思想上的问题比较隐蔽，才是大问题，必须要首先解决，所以称为“先诛”。太公望至齐而诛华士，是为先例。刘向强调：“自古明圣，未有无诛而治者也”，杀人，是保证太平的手段。司马迁也是用后来的鲁国大治为孔子背书，据他说：“孔子执政三月，商贾不欺童叟、男女分路而行，路不拾遗，四方之客，宾至如归。齐国恐怕鲁国称霸，甚至考虑把土地送给鲁国以求和好。”（《史记•孔子世家》）言下之意，只要天下太平，就证明杀得对，杀得有理。诛于东观，就是要以儆效尤，后来曹操杀孔融，司马昭杀嵇康，颇得其中杀鸡儆猴的帝王之术真谛。
有人误会孔子妒贤嫉能，有点太小看至圣先师了。如果孔子只是一个这么简单的人物，也不足以创立儒学流传二千年了。孔子借《诗经•邶风•柏舟》感叹“忧心悄悄，愠于群小。”忧愁之心多凄楚，被群小人所怨怒。
其实孔子杀少正卯杀得名正言顺、理直气壮，到了不可不杀的地步，这才是最可怕的事。这就意味着，只要思想、言论与我不一样，就是异端邪说，就该杀而后快。
这个故事最早见于《荀子•宥坐》，荀子本来是儒法兼修，外儒内法第一人，对此大唱赞歌不稀奇。
从朱熹开始，一些学者对孔子诛少正卯的故事持怀疑态度，其论据包括史料证据、制度沿革、孔子治国理念等，至今两派争讼不休。