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DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/
GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank
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UniGene http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene/statistics/
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Third Party Annotation 第三方提供注释 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tpa
dbSTS数据库 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/index.html
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HTGS数据库 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/HTGS/
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Assembly：各种基因组拼接的不同版本及信息 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly
BioProject：提交到NCBI的各种数据的项目描述 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject
BioSample：提交到NCBI的各种数据的样品描述 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample
dbSNP单核苷酸多态性数据库 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp
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ENA 同genbank http://www.ebi.ac.uk/ena/
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EPD启动子数据库 http://www.epd.isb-sib.ch/
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蛋白质数据库
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PIR http://pir.georgetown.edu
PRF http://www.prf.or.jp/
PDBSTR http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind?pdbstr
Prosite http://www.expasy.org/prosite
结构数据库
PDB http://www.rcsb.org
NDB http://ndbserver.rutgers.edu
PDIdb http://melolab.org/pdidb
酶和代谢数据库
KEGG http://www.genome.ad.jp/kegg/
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文献数据库
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FASTA 检索 http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/
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分析RNA或DNA的二级结构 http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi
多序列对位排列和进化分析
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基因预测和基因结构分析
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分析启动子位点Promoter 2.0 Prediction Server http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
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TargetRNA2 细菌 http://cs.wellesley.edu/~btjaden/TargetRNA2/
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蛋白质性质和结构分析
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分析蛋白质的pI、Mw、氨基酸 http://web.expasy.org/protparam/
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分析蛋白质的疏水性 http://web.expasy.org/protscale/
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分析膜锚定蛋白的GPI位点 http://mendel.imp.ac.at/sat/gpi/gpi_server.html
植物GPI http://mendel.imp.ac.at/gpi/plant_server.html
动物GPI http://mendel.imp.ac.at/gpi/gpi_server.html
真菌GPI http://mendel.imp.ac.at/gpi/fungi_server.html
分析信号肽及其剪切位点 http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
分析G- 菌脂蛋白信号肽LipoP http://www.cbs.dtu.dk/services/LipoP/
分析叶绿体信号肽ChloroP http://www.cbs.dtu.dk/services/ChloroP/

国家农业图书馆主页 http://www.nal.usda.gov
基因组浏览器 http://ensembl.gramene.org/genome_browser/index.html
基因组序列组装 上面网页选Genome assembly
比较基因组 http://ensembl.gramene.org/info/genome/compara/analyses.html
基因组变异 http://ensembl.gramene.org/info/about/species.html
物种基因组区段内分子标记查询 http://ensembl.gramene.org/info/about/species.html
给定分子标记信息查询 http://www.gramene.org/选择Archive (Build 39)
同源基因信息查询 http://ensembl.gramene.org/genome_browser/index.html
基因GO信息查询 http://ensembl.gramene.org/genome_browser/index.html
代谢路径及代谢路径浏览器 http://pathway.gramene.org/
大豆 http://www.soybase.org/

这么好的贴，为什么过了这么多年没火？