2016年1月16日，商丘市政府与郑州铁路局签订协议，将于2018年对商丘站老站房进行改造，其中市政府承担60%费用，郑州铁路局和铁总承担40%费用，到时，商丘站南北站房通过天桥连接，地道出口，站房面积达到3.9万平方米，是周边地区最大的高铁、普铁的铁路枢纽。