为了保证疾病诊断的准确性，必须对鱼病发生的相关情况及病鱼本身作全面的检查。
(一).宏观检查
这是检查各种鱼病的第一步，主要内容包括：
1．调查饲养管理情况：调查养殖的种类，苗种来源，放养密度，清塘方法，投饲的种类、数量、质量和方法，用奥克丹水质检测仪器检测氨氮、亚硝酸盐，ph，硫化氢，磷酸盐，溶解氧等水质指标。
2．调查有关的环境因子：调查了解水源中有无污染源，池塘底质和水质情况，周围农田施肥、施药情况，池塘中及池塘周围有无某些寄生虫的中间寄主及终末寄主等。
3．调查发病情况及防治措施：调查何时开始发病：，是几种鱼发病，病鱼有什么异常表现，是否出现死亡，死亡数量及程度，已采取了什么防治方法和过去曾经发过什么病等。
(二)微观检查
这是检查鱼病的第二步工作，即对病鱼进行检查，最好选择症状明显。但尚未死亡或死亡不久的病鱼，同时尽量多检查几条。检查的方法由用肉眼观察和显微镜检查相结合。
1．肉眼观察：主要观察鱼的体色是否变化，体型是否正常，皮肤和肌肉有无发炎、充血、浮肿、疖疮、溃烂等；鳍条有无充血、出血、腐烂，鳞片有无脱落；鳃盖有否充血和表皮脱落，鳃丝是否鲜红色，有否变色、腐烂或充塞污物等；有无发现肉眼可见的寄生虫或真菌寄生。然后对病鱼进行解剖，方法是从肛门向头的方向剪至鳃盖，将一边的腹壁剪掉。仔细观察胆、肠、胃、脾、鳔、肝、食道、卵巢、精巢、肾等器官组织是否有充血、出血、贫血、发炎、溃烂、肿胀、变色和粘液增多等异状，有无肉眼可见的寄生虫。
2．显微镜观察：对于有病变症状的鱼体从病变部位取出部分组织、粘液或内含物制成压片，进一步进行显微镜观察。如病鱼无明显的症状，那应将皮肤、鳃、肠取样压片检查，若仍查不出病，那应进一步镜检其他组织器官。通常用的是载玻片法：用小剪刀或镊子取出一小块组织或一小滴内含物，放在一片干净的、上面已滴有一小滴清水(或生理盐水、)j的j载玻片上，盖上干净的盖玻片，稍加压平，先在低倍镜(1◇伊倍)下检查，如发现有寄生虫或可疑现象，再用高倍镜(400倍以上)观察。
鱼体各种器官和组织都有被病原体侵袭：疾病发生的部位，常在体表、鳃和肠道三处。