高额商业利润使大量财富落到商人和贵族手里，其中葡萄牙国王得利最多。史料记载，1495年至1521年在位的曼努埃尔国王，生活极其“奢侈和豪华，是罗马皇帝以来从未有过的。他的宫殿是最华丽的，他的宴会是最奢侈的，他的大使是欧洲最阔气的”。但葡萄牙人在香料群岛以“贪婪”而臭名远扬，1546年到过安汶的一位耶稣会传教士写道：在摩鹿加，人们对葡萄牙语的了解，只限于“掠夺”这个动词的变化。

当然，葡萄牙人的殖民不可能是一帆风顺的。1575年特尔纳特人驱逐了葡萄牙人，葡萄牙人于是转移到蒂多雷（今称“索阿休”），在那里建立了新的碉堡。特尔纳特变成了一个狂热的反葡萄牙的伊斯兰国家。
葡萄牙人在香料群岛中长期占领并有持久影响的是帝汶岛，后来受荷兰人挤压，它的影响限于该岛东部，即后来的东帝汶。

（四）经营澳门
1.阿尔瓦雷斯踏上中国的土地
建立和控制香料群岛--马六甲--果阿--葡萄牙的直接贸易联系，只是葡萄牙建立东方帝国梦的一部分，中国也是他们心目中的一个重要目标。在地理大发现时期西方人的心目中，印度、中国及日本都是他们所要到达的目标，特别是印度和中国，在当时许多西方人的心目中，几乎是同义词。这在哥伦布的梦想中，在当时意大利地理学家托斯卡内利给哥伦布的信中都可看到。但在16世纪时，西方人，主要是首先通过海路来到东方的葡萄牙人，还不具备征服中国的力量，他们连像在印度那样控制中国沿海的一些重要港口也做不到。

在明帝国的鼎盛时期，皇帝关注着他认为重要的每一个地方，只有他认为不屑一顾的地方才有可能例外。在东方从事扩张的葡萄牙的要员也充分认识到了这一点。
据说，阿尔布克尔克征服马六甲时，港口内就停着5艘中国商船。他没有敌视中国商船，而是设法取得这些中国商船的帮助；同时他也希望让中国人看看他的军威，使这些中国人感到害怕。在占领马六甲后，他老练地与周边的政治势力打交道，但不忙于与中国打交道，因为他认为自己还不够格，必须先取得葡萄牙国王的授权再派使臣前往中国。

理论上虽这么说，葡萄牙人还是按捺不住进入中国的心情。大约在1513年或1514年，葡萄牙驻马六甲的总督派船长阿尔瓦雷斯（澳门人常译作欧维士）率船驶往中国。在海外中国商人指引下，阿尔瓦雷斯驾船抵达广州附近海面。表面上他以商人身份出现，运香料来广州销售，未与地方当局有任何官方交往，实际上是刺探广州门户的情况。但当地港口管理人员未允许他上岸，他只得进行船上贸易，获了一笔厚利。接着他溜上屯门港隔岸的南头岛，按葡萄牙探险家的习惯，在这儿偷偷立了一块石碑，上面刻有葡萄牙国王的标志，表明他们发现了新的土地。据说与他同航病死的儿子就埋葬在这块石碑下面。1515年，又有一位为葡萄牙服务的意大利人在葡萄牙驻马六甲总督的派遣下，满载香料来到珠江口贸易，获利20倍而归。这两次行动都未与中国地方当局发生接触，算不上是官方来往。不过，让我们感到惊奇的是，葡萄牙把香料运到中国居然可以赚到与运回葡萄牙一样多的钱。当时中国也使用大量香料，香料就在中国的大门口，但中国人自己不去贩运香料，而是让远在西欧边陲的葡萄牙人把香料送上门，让他们赚去大钱，真是咄咄怪事。

2.皮雷士使团在广州
葡萄牙国王曼努埃尔根据马六甲总督的报告，决定向中国派遣正式使节。他任命费尔南·佩雷斯·安德拉德为船队指挥，并命驻印度总督选出一位使节，总督看中了时在马六甲总督手下的商务秘书皮雷士，他曾写过《东方诸国记》，是一位有心于研究东方各国情况的人。安德拉德先来到印度科钦，然后往东航行到苏门答腊采购胡椒，准备随船带到中国销售（他们总是不忘做生意）。不巧船只失火，但他还是安然来到了马六甲。1516年8月，费尔南·安特拉德率4艘船离开马六甲驶向中国，由于中途遇到风暴，又驶回马六甲。次年4月，他率8艘船再次离开马六甲往中国进发。8月15日抵达珠江口。葡萄牙人讲政治时总不忘做生意，船上装满了胡椒。

广东海防军巡逻船不明来船底细，担心是海盗到来，向这些不速之客开了几炮。葡萄牙人没有还手，而是升起旗帜，表示和平，并向中国巡逻船队声称自己是受葡萄牙国王派遣前来觐见中国国王的使团。当地的海防备倭指挥表示要把此事向广东当局报告，待答复后再通知。
但葡萄牙人等得不耐烦起来，派两艘船闯向珠江口示威，不料船被风暴折断桅杆，只得退回修理。船修好后，葡萄牙人又全副武装找备倭指挥，威胁着要自行驶往广州城。
过了一两天后仍未见回复，他们便顺江而上，途中也未遇什么阻拦。按当时防倭寇的有关规定，未经上级批准外国商船是不许进入珠江口的，为什么这些葡萄牙人驶往广州竟无人阻拦？现存葡萄牙人的文献暗示，可能是他们对备倭指挥采取了威胁加行贿的方法，备倭指挥得到好处后，默认了葡萄牙人的行动。当然，实际情况也可能是葡萄牙人恃强闯入。

费尔南·安特拉德和使团所乘的两艘船抵达广州内港后，广州市舶提举吴洪赐将他们安排在市舶司的外宾招待所--怀远驿，并向广东俭事兼代海道副使的顾应祥汇报。顾应祥亲自前往探视，葡使团的翻译原是中国江西人，他向顾说明他们是受葡萄牙国王派遣到中国来进贡的使团。顾应祥马上派人到梧州向两广总督陈金报告，总镇太监宁诚、总兵郭勋和总督陈金先后到广州来接见葡萄牙人。葡使团带来的礼物有珊瑚、金盔甲、玻璃、三刃刀等。总督陈金向葡萄牙人说明他将把此事上奏朝廷，等朝廷批准后方可进京。
北京明政府的批复使葡萄牙人十分失望：不让他们进京朝贡，对他们带来的货物按价收购，人员就地返航。

3.大喜大悲的北京之行
工夫不负有心人，中国的许多事情都有赖于事在人为，费尔南和皮雷士不甘心无功而返，赖着不走，通过到处钻营找门路，终于又取得了进京的许可。按《明史》的说法，是他们买通了皇帝身边信任的宦官，大概指的是在两广的三堂镇守太监宁诚，使朝廷一下子又改变了主意。

打通关节的执行人无疑是葡萄牙人带来的华裔翻译，中国人总比外国人知道应该如何办那些看来办不成的事情。
葡萄牙人在广州并未住入官方安排他们住宿的怀远驿，而是要求广州当局在江岸边给他们一所房子作为商馆。他们一边把这所房子用来经商，卖掉香料，买回他们所需要的商品；同时以此为掩护，秘密潜入城市各处探视，搜集各种情报。当时一位葡萄牙历史学家写的书说，一个叫安东尼奥·费尔南德斯的人趁中国元宵节爬上城墙，跑遍整个广州城头，弄清了防卫塔楼共有90个。
1518年9月，费尔南·安特拉德回到马六甲，1520年6月返回葡萄牙。他被看成是“发现中国”的英雄，受到国王和王后的欢迎宴请，国王夫妇饶有兴趣地向他打听了关于中国的种种情况。

中国这边，葡萄牙使团于1520年1月23日离开广州港乘内河船溯北江航行，到梅岭后从陆路来到明朝陪都南京，想朝见南巡到南京的正德皇帝（明武宗，1506-63西班牙和葡萄牙帝国的兴衰1521）。这时正德皇帝借平定宁王叛乱的名义到江南游玩，但不想在南京接见他们，而是命令他们到北京等待觐见。使团的中国翻译贿赂武宗的宠臣江彬，江彬把他引见给正德皇帝，皇帝为寻开心，向他学习葡萄牙语。不过这只是提高了这位翻译在葡萄牙人心目中的地位，皮雷士最终未能与皇帝见面，因为先期到达北京并住在北京四夷馆的这些葡萄牙人，1521年1月18日好不容易等到皇帝北返，但皇帝一回京就病死了。也有一种说法是，在南京，正德皇帝在接见翻译时就接见了皮雷士，这是有可能的。因为按常规，哪有接见翻译而不接见使臣之理。
他们跟到北京，也许是因为建立通商朝贡及回赠礼物等问题，皇帝需要与有关部门商量。

但主张与葡萄牙人拉一点关系的皇帝一死，问题又急转直下。主要问题是皇帝拆开葡萄牙国王给他的信时，没有看到葡萄牙愿成为中国藩属之类的话，而此前费尔南·安特拉德给皇帝的信中是有这种说法的。朝中一些大臣趁机向皇帝讲述葡萄牙人的劣行，说马六甲原为中国的藩属，但葡萄牙不打招呼就武装占领了这个地方。
御史丘道隆上奏说，只有葡萄牙人归还马六甲领土，才能考虑其朝贡的问题，否则应该声讨问罪。另一个御史何鳌控告葡萄牙人在广东和在北京的恶劣行为。还有广东地方官上奏，说葡萄牙人在广州外港侮辱上船征税的中国官员，强行阻拦在广东的其他国家的商人经商，还讲到他们侵扰、勒索的丑行，及擅自修建堡垒和进行间谍活动等等。流亡在外的原马六甲国王也派亲属到北京揭发葡萄牙人，要求中国帮他复国。
这样，新登基的皇帝嘉靖就不可能与这些十恶不赦的葡萄牙人打什么交道了，他马上把葡萄牙人的中国翻译和他的靠山江彬处死，又把皮雷士逐出北京，令其经广东出境。当他到达广东时，发生了中葡在屯门的军事冲突，于是皮雷士被就地监禁起来，后病死于狱中。

4.葡萄牙殖民军与中国军民的冲突
葡萄牙使团落得这个下场，也不能全怪明政府的锁国政策，主要是他们随意消灭明属国马六甲王国，及其在中国各地横行不法所致。
费尔南·安特拉德走后，他的弟弟西蒙接替了他的职务。据西方史料记载，西蒙在短短时间内就劣迹昭昭，让人痛恨：他像对待非洲被征服的土著那样对待中国人；在南头岛上建立堡垒，把它作为殖民据点，僭称对该岛拥有主权；在岛上以国王自居，无视中国国法，擅自判处水手绞刑；支持强盗，从事绑架和各种邪恶行为，包括贩卖人口，如1519年后不久就把一些中国人当作奴隶运往印度果阿和欧洲；掠走和奸淫中国妇女；中国官员奉命到屯门港收税，他竟加以殴打并撕坏其帽子；拦劫、勒索其他国家在华商人等等。就连1521年前来接替他的职位的卡尔沃（或译卡尔佛、卡尔乌）也斥他不愿遵守中国国王的命令，要和中国开战，从事杀戮和洗劫，犯下了“无穷的罪行”。当时葡萄牙的殖民主义者，大部分都属这种无法无天、嗜钱如命的亡命之徒。这些行为决定了皮雷士被逐的命运。

不久后，广东地方的中国军民与葡萄牙殖民主义者打了两仗，把他们赶出了中国。第一次发生在1521年。
葡萄牙国王命令卡尔沃率船东来，在马六甲他与第一次来华的阿尔瓦雷斯会面后，一起来到屯门港，这时广东官府已接到朝廷命令，驱逐作恶多端的葡萄牙人。广东省海道汪鋐为主帅的广东军队令葡萄牙人退出中国港口和岛屿，但西蒙一伙和新来的卡尔沃、阿尔瓦雷斯不服从，这年6月，战争暴发。开始时明军处于不利地位，但后来采取了许多办法，派水兵潜水把葡萄牙人船只从底下凿空，用火船攻击葡萄牙的船只，将其烧毁，又仿造葡萄牙人的火铳作武器。葡萄牙人损兵折将，被俘、被杀的人数不详，最后葡萄牙人只剩下3艘船，每艘船只剩下8个人。卡尔沃等乘暴风雨逃脱，于10月末逃抵马六甲，阿尔瓦雷斯在此次战役中病死。

1522年，又一个葡萄牙国王派出的武装使团来到广东，以哥丁霍为首。这是根据费尔南·安特拉德的报告作出的新的安排，国王作出这种安排前还不知道费尔南·安特拉德走后皮雷士使团的命运，也不知道刚刚发生过的战斗。哥丁霍率领6艘船来到马六甲后，才知两国关系已经恶化，但他却不识形势，带上从广东逃回的败将卡尔沃等人，率船队向广东驶来。广东海防军早已奉命严阵以待，在香山县西草湾拦截。葡萄牙的船队一面还击，一面强行闯向珠江口。明备倭指挥柯荣、百户王应恩奋战，擒获其官兵42人，斩首35人，缴获葡萄牙船2艘，哥丁霍等人得以逃脱，中国方面王应恩等战死。
此后一段时间，珠江口内外恢复太平。但仍有一些小插曲，令人深思。被关进广州监狱里的几个葡萄牙人竟想方设法买通人情，于1534、1536年先后两次把信件送到来华的葡萄牙人手中，向葡萄牙国王提出征服、灭亡中国的计划。