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西历2015年。魔术尚成立的最后的时代。社会是由人之手构筑起来的，但掌握着世界真理的，却是魔术师。魔术司掌着科学无法解释的人类过去的技术，科学则累积着魔术无法达成的人类未来的技术。这两种决无法相容的学问之学徒，仅在某一点上是志同道合的。无论是魔术还是科学，都是为了给钻研的人类带来更为长久的繁荣——也就是，守护人类历史。
人理延续保障机构·迦勒底。观测仅靠魔术无法看见，仅靠科学无法测量的世界，预防会导致人类决定性灭绝事件的特务机构。把优先让人类史延续下去作为至尊理念的这里不分魔法、科学，集结了各领域的研究者。西历1950年，现象记录电脑使魔·拉普拉斯研究成功。西历1990年，拟似地球环境模型·迦勒底亚斯完成。西历1999年，近未来观测透镜·示巴完成。西历2004年，守护英灵召唤系统·命运完成。西历2015年，灵子演算装置·特里斯墨吉斯忒斯完成。人理延续保障机构不断完成辉煌的成果，得以保证人类史将来100年内的安全。
然而2015年。示巴所观测到的未来领域毫无前兆地消失。根据计算，发现——不，是证明了人类将于2016年灭绝。为什么。怎么会。是谁。做了什么。面对众多疑问，迦勒底的研究者们陷入了疑惑。
就在这时，示巴观测到了新的异变。西历2004年，在日本的某个地方都市。在这里，出现了从未出现过的“无法观测的领域”。迦勒底将这里假定为人类灭绝的原因，决定执行尚处于试验阶段的第六实验。那就是回到过去的时间旅行。将术者灵子化送往过去，通过介入事象，寻找出时空奇点，究明真相或予以破坏的禁断的仪式。其名为圣杯探索——冠位指定（Grand Order）。这是一切为保卫人类，与人类历史对抗，与命运作战存在的总称
