001 云霄飞车杀人事件
002 董事长千金绑架事件
054 电玩公司杀人事件
128 黑衣组织10亿元抢劫事件
129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会(灰原编)
177 与黑暗组织的再会(柯南编)
178 与黑暗组织的再会(解决编)
170 黑暗中的死角(前编) 
171 黑暗中的死角(后编) 
226 战斗游戏的陷阱(前编)
227 战斗游戏的陷阱(后编)
230 迷一样的乘客(前编)
231 迷一样的乘客(后编)
258 来自芝加哥的男人(前编)
259 来自芝加哥的男人(后编)
269 犯罪的纪念品(前篇)
270 犯罪的纪念品(后篇)
271 急忙掩饰的忽略(前编)
272 急忙掩饰的忽略(后编)
277 英语教师VS西部名侦探(前编) 
278 英语教师VS西部名侦探(后编) 
284 中华街雨中的似曾相识(前编) 
285 中华街雨中的似曾相识(后编) 
286 工藤新一NY事件(事件编) 
287 工藤新一NY事件(推理编) 
288 工藤新一NY事件(解决编) 
307 没有声音的证词(前篇) 
308 没有声音的证词(后编) 
309 与黑衣组织接触(交涉编) 
310 与黑衣组织接触(追击编) 
311 与黑衣组织接触(决死编) 
335 东都显影所的秘密(前篇) 
336 东都显影所的秘密(后编) 
338 4台保时捷(前篇) 
339 4台保时捷(后编) 
340 隐藏在厕所里的秘密(前篇) 
341 隐藏在厕所里的秘密(后编) 
343 便利店的陷阱(前编) 
344 便利店的陷阱(后编) 
345 与黑衣组织直面对决满月之夜的二元推理 
385 斯特拉蒂瓦里的不谐和音(序曲) 
386 斯特拉蒂瓦里的不谐和音(插曲) 
387 斯特拉蒂瓦里的不谐和音(尾曲)
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明 
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬 
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向(前篇) 
485 黑色照片的去向(后篇)
491 红与黑的碰撞 开始
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 疾呼
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 入侵
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 卡拉OK包房的死角(前篇)
508 卡拉OK包房的死角(后篇)
509 红白黄色与侦探团
510 柯南VS双重暗号之谜
511 推理对决 新一VS冲矢昂

还有些集案件本身没什么,其间就一两句话和组织的事有点关系或是疑似组织的案件:

130-131 竞技场无差别胁迫事件(疑似组织)
222-224 招致死亡的人鱼传说(人鱼小岛签名册有宫野志保的名字)
242 元太的灾难(好像提到GIN是左撇子)
279-280 迷宫的阴暗(提到了贝尔摩得)
427~428 超秘密的上学路(疑似组织)
429~430 回不去的二人(英佑出现)