随着罗马彻底掌握了地中海沿岸地区，越来越多的非罗马公民进入到了舰队服役。在舰队中服役25年可以获得公民权，加上海军比较清闲的环境（因为海军基本没仗打），很可能，此时的罗马海军充斥着大量其他族裔。
不过罗马针对舰队并没有采用类似陆军辅助军团的办法，仍然设立了类似罗马军团的百人队官职。不过不同战舰的具体情况千差万别，所谓的一个“百人队”实际人数很可能五花八门。根据意大利一些水兵坟墓的墓志铭来看，有些水兵声称他们曾经在一个舰队的Manipularis（Maniple）中服役，所谓的一个Manipularis是指两个百人队。这样看来，或许是指他所服役的战舰大约有200名（当然，也可能是160人）左右的士兵，这可能是一艘三列桨船或四列桨船。有趣的是，他自称自己是Miles（军人）而不是水手。从目前掌握的资料来看，罗马帝国水军都被当做战士，所谓的“水手”是指商船上的海员。
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帝国海军的舰长一般是被称为Trierarch，这个词实际上是源自希腊语的三列桨船指挥官。经过几百年的演变，已经变成了地中海舰长的称谓，不论具体是什么战船。这种情况在千年后的今日西方海军中也是屡见不鲜。
舰长之下是航海长（Gubernator），负责船只的航线和战舰的后半部分，还要负责指挥近战甲胄士兵和主桅杆的水手。为什么航海长要负责战舰后半部分，这是很有意思的一个现象。比较合理的解释大概是，当时战舰的具体航向最终要由舵手控制，而舵手位于战舰最后。从古希腊的文献中也能看出当时舵手的重要性。所以航海长的主要辖区就是基于战船后半部分了。
既然有专门负责后半部分的军官，那么设立“前指挥官”(Proreta或Proreus)也就顺理成章了。他要负责指挥战舰前半部分的水兵，远程部队和前桅杆有关水手。
至于撞击战术由谁负责，这又是一个很有意思的问题。按道理说，撞击应该是船头军官的任务。但“前指挥官”并没有权力管辖舵手。也许，海战时很可能会有所谓的“传声接力赛”，船头的观察员将情况喊给中后部的航海长，航海长制定撞击计划，而后他（更有可能是他的副手）再把指令传达给最后的舵手。通讯完全靠【吼】，当然，这看似合理的解释并没有任何直接证据。
其下便是各个部门的负责人，他们也被算在了海员之内，我们并不知道他们是否属于政府设立的专职官员，虽然很可能是。也许我们可以将他们称为非专职官员。这些人包括战舰上的医生，裁缝，木匠，书吏官等，大概类似于今天的士官等级。
在这些军士中，有一批所谓的“二倍工资待遇成员”（dupliciarii），其称呼被加入了dupliciarius的后缀，他们很可能是类似于军士长的角色，因为经验老道而享受额外的津贴。除此之外，战舰上还有一些Secutor，负责维持战舰士兵的纪律。看起来罗马到底是比民催的雅典“专横”多了，在雅典的舰队中，将领胆敢惩罚水兵，绝对是急不可耐地想喝阿提卡毒药了。

占军舰人数比例最大的桨手也有自己的一套组织体系，被称为Pausarius或Caleusta的官员负责划桨的节拍，但他并不直接控制节奏。一名被称为Portisculus，Pitulus或Hortator的士兵会依靠乐器或者木槌敲打节奏，直接控制划桨节拍。
在桨手中，也有一些人被加入了dupliciarius的后缀，他们可以享受二倍基准工资待遇，看起来他们应该是有经验的桨手。结合对当时这种“一桨多人”的防护甲板战舰的研究，这些高级桨手应该是坐在划桨的最外侧，他很有可能要负责指导内侧的一到两个“划桨新兵”。关于桨手的更具体组织我们不得而知。
不过依靠有限的考古成果，桨手中最小的组织是一个“contubernium”，似乎是指一个帐篷下的8个兵，设一位士官领导。或许，我们可以称其为“班”，其长官是一名类似今天下士的士官，当战舰靠岸时，每个班住在同一个营帐，也因此得名。从这也可以看出，罗马帝国海军桨手并不是奴隶。实际上，目前没有任何一份古籍史料或者遗存文物声称当时的帝国海军使用奴隶。
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战舰上还有一些其他官吏，被称为Beneficiarius的书记员，被称为Adiutor或Exceptor的士官，他们可能是事务长。甚至还有被称为Librarius的图书管理员！还以及主持祭祀仪式和宗教活动的神职人员，他们被称为Nauphylax或者Victimarius。最后一些负责装饰战舰的士兵，被称为Urinator或Coronarius。不过，也许他们的真正职责，通俗来说只不过是“给战舰刷金红石粉末”。金红石在古地中海被用作粉刷战舰的原料，也算一种战略物资，部分希腊城邦也靠出口金红石赚德拉克马（尤其是赚雅典的德拉克马）
除了那些基础的军官以外，这些辅助人员的编制会因为战舰的大小形制而有较大的变化，但具体情况我们不得而知。
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关于军官的薪酬待遇，帝国中央舰队，那不勒斯-米森努姆舰队司令年薪是30万塞斯特斯，作为对比，普通军团士兵是900塞斯特斯。帝国第二中央舰队，拉文纳舰队司令是20万塞斯特斯。其他行省的舰队司令是6万塞斯特斯，副司令也是6万。舰长的待遇是1万塞斯特斯，略低于军团百夫长。至于战舰上的各位士官，军士长，普通水兵的具体待遇，就缺乏考古资料了。不得不说，贫富差距可真够大的，水兵的薪酬肯定不如军团士兵。很可能，在那不勒斯舰队旗舰上，司令一个人的工资比他这一船500名战士的收入总和还要高。
除了上述水兵，各种古籍资料都显示战舰上还有一些甲胄士兵和弩炮部队。不同于共和国时期的大型战舰，元首制时期罗马战舰的平均吨位已经大大下滑，普通战船或许有十几个士兵，四列桨船可能有30~40名士兵。共和国时期当仁不让的舰队主力——五列桨船几乎绝迹，只在意大利直属舰队中有寥寥几艘，而更大的战舰只限于米森努姆舰队的旗舰——Opps号六列桨船。
这些直属舰队的士兵可能都被认作辅助军团，他们同样设有百夫长，海军中又设有被称为Sub-Optio的百夫长副手。另有被称为Armorum Custos的官员负责武器，盔甲和弩炮。对于那些只能搭载十几名士兵的三列桨船，最高陆战队指挥官或许就是一名Sub-Optio。至于战舰军官和陆战队军官的权力分配，或许罗马帝国海军是这样组织的，当战舰航行在海上时，舰长有最高指挥权；当发生接舷战时，或者战舰登陆后，百夫长有最高指挥权。
不过从这个管理模式来看，罗马海军的社会地位明显不如近代的海军，也不如千年后的东罗马舰队。它并没有完全脱离陆军管理的阴影。当然，对于2044年前国家来说，已经很惊艳了。
一旦发生接舷战，百夫长可能要身先士卒，率领陆战队直冲对方甲板；作为海军官僚的舰长，航海长（第一副官）和第二副官很可能也会参战。至于桨手会不会同样拿起武器作战，目前缺乏直接的证据。也许实际情况是这样的：在早期的帝国海军中，国家沿袭数百年的传统，桨手并不参战，但随着时间推移，晚期帝国的桨手很可能会参加接舷战。到了东罗马时期问题明了，全体桨手既是战士也是海员（查士丁尼时期即如此）。

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