东京召开首脑会议，地点是东京湾的新设施「Edge of Ocean」。 　　这是一座，会议举办的5月1日当天，将动用2万2千人警方人员的超巨大设施。 　　然而不料某天，竟发生了突如其来的大规模爆炸事件！ 　　其中，出现了可以掌控全国公安警察的警察厅秘密组织 　　——通称「ZERO」组织的成员安室透的身影。 　　为何不在会议当天，而选择在会议之前引爆呢？ 　　以及安室背地里诡异的行为，让柯南感到事情蹊跷不已。 　　这时，现场证物上留下的指纹，竟然与过去所属警视厅的毛利小五郎的指纹相吻合！ 　　其中到底有什么阴谋？围绕逮捕小五郎，柯南和安室展开了交战。 　　安室透这个谜一般的存在，究竟是敌是友？ 　　「极秘任务」的倒计时，此时已无声无息地开始了——。