圣索菲亚大教堂是特拉布宗在13世纪成为科穆宁家族建立的特拉布宗帝国首都以后建立的，作为从君士坦丁堡流亡至此的原皇族科穆宁家族中心教堂。1461年奥斯曼帝国征服此地后改建为清真寺，后来又曾经作为要塞使用。教堂时代的壁画多有损失。