肽谱图分析通常用于蛋白质的鉴定，大多数会用于测定蛋白质的序列。
蛋白样品鉴定过程一般只会使用Trypsin对蛋白进行酶切，鉴定到的肽段覆盖率大概在60%。为了得到靶蛋白的全部序列信息，一般会选用在蛋白鉴定过程中常用的6种蛋白酶（Trypsin、Chymotrypsin、Asp-N、Glu-C、Lys-C和Lys-N）分别对靶蛋白进行酶切和鉴定，在得到更多的碎裂肽段片段的同时，经过肽段之间的拼接完成蛋白序列100%的测定。
质谱法肽段覆盖率/肽谱图全序列测定的流程：
• 首先使用6种蛋白酶（Trypsin、Chymotrypsin、Asp-N、Glu-C、Lys-C和Lys-N）分别对靶蛋白进行酶切和鉴定 • 接着使用nano LC-MS/MS或者UV LC-MS/MS 对样品进行分析
• 将得到的肽段覆盖率/肽谱图全序列与您提供的理论序列进行比对
• 得到比对结果
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