基因组吧 关注:130贴子:935
  • 1回复贴,共1

瑞丽植物园的基因组数据哪里可以找?

只看楼主收藏回复

中国研究者对云南省瑞丽植物园的761份植物标本(689个种)进行鉴定,并获得了全部基因组测序数据,这是历史上首次对整个植物园进行植物基因组测序。
截至2018年,已测序陆地植物约350种;该研究所提供的基因组数据将目前具有基因组数据的植物物种数量增加了两倍。
这项研究共在瑞丽植物园及周边区域采集了1093号样品,成功提取其中761号样品的DNA,涵盖49目137科(凭证标本保存于国家基因库标本馆HCNGB)。这761份维管植物样品(约689种)的高深度基因组测序,共计产生54 Tb原始数据(数据存于国家基因库数据库:https://db.cngb.org/cnsa),每个样品测序量大约70G。
瑞丽植物园数字化,是第一个集活体库、生态库和数据库为一体的探索性项目。通讯作者刘心强调:“这是对包括10KP在内的巨型基因组项目的实践和数据积累,项目已产生对后续样本采集、测序和组装有用的经验,同时产出的数据也是能够被后续基因组项目使用的”。瑞丽植物园所产生的数据不仅可以用于基因组、线粒体、叶绿体的组装,同时,也是机器学习不可缺少的植物基因信息数据库。该项目的原始数据可在深圳国家基因库生命大数据平台CNGBdb中获取。


1楼2019-02-18 14:43回复
    cncb-ngdc的网站上没有么?或者文章发没,看看数据放哪了


    IP属地:北京来自Android客户端2楼2022-09-21 20:59
    回复