1. 农学生命科学研究科
生产·环境生物学专攻、应用生命化学专攻、应用生命工学专攻、森林科学专攻、水圈生物科学专攻、农业·资源经济学专攻、生物·环境工学专攻、生物材料科学专攻、农学国际专攻、生物圈系统学专攻、应用动物科学专攻、兽医学专攻（4年制博士课程）2.综合文化研究科
言语情报科学专攻、超域文化科学专攻、地域文化研究专攻、国际社会科学专攻、广域科学专攻
3.经济学研究科
经济理论专攻、现代经济专攻、经营专攻、经济史专攻、金融系统专攻
4. 教育学研究科
综合教育科学专攻、学校教育高度化专攻
5. 工学系研究科
社会基盘学专攻、建筑学专攻、都市工学专攻、精密工学专攻、航空宇宙工学专攻、电气系工学专攻、物理工学专攻、系统创成学专攻、材料工学专攻、应用化学专攻、化学系统工学专攻、化学生命工学专攻、尖端学际工学专攻（博士后期课程）、原子力国家专攻、生物工程专攻、技术经营战略学专攻、原子力专攻
6. 新领域创成科学研究科
基盘科学研究系：物质系专攻、尖端能源工学专攻、复杂理工学专攻
生命科学研究系：尖端生命科学专攻、纳米药学专攻
环境学研究系：自然环境学专攻、海洋技术环境学专攻、环境系统学专攻、人类环境学专攻、社会环境学专攻、国际合作学专攻
情报生命科学专攻
7. 人文社会系研究科
基础文化研究专攻、日本文化研究专攻、亚洲文化研究专攻、欧美系文化研究专攻、社会文化研究专攻、文化资源学研究专攻、韩国朝鲜文化研究专攻
8. 情报理工学系研究科
计算机科学专攻、数理情报学专攻、系统情报学专攻、电子情报学专攻、智能机械情报学专攻、创造情报学专攻
9. 情报学环·学际情报学府
学际情报学专攻
10. 法学政治学研究科综合法政专攻、法曹养成专攻（法科大学院，专门职学位课程）
11. 数理科学研究科
数理科学专攻