唯识的建立有两个思路，一个是随理唯识，一个是随教唯识，这两个派别是后世的学者们在研究佛教中所运用的唯识理论时所做的区分，实际上历史上并没有某个人声称自己是随理唯识或者随教唯识的论师。
这里的随理就是随顺逻辑推理的意思，随教就是按照佛经里面的言教，由此我们可以知道抉择唯识有两个不同的出发点。
一个出发点就是站在自己的认知力本身出发，一定要在自己的认知本身建立符合逻辑和观察的观点，也就是说，所有观察分析的最终评判者是自己的认知能力，包括意识和直接感受，因为直接感受——包括前五识和七八识都没有运用语言逻辑的能力，所以实际上这种思路的基础和依据就是意识。
而随教唯识的出发点在于，承认自己意识的局限性，承认有一部分超出自己认知能力之外的现象存在，但是与其他宗教的不可知论的本质区别在于，他们对于这部分超出自己认知能力的现象是依靠佛经里面的观点来进行观察分析的。也就是说，站在佛的遍智的角度来作为终极的判断标准，虽然在进行判断分析的时候还是运用自己的意识，但是因为承认了意识的局限性，所以这种观点实际上是一种开放性的结论，而不像前者最终形成的是一种意识范围内的封闭式的论断，这种开放性的关键在于最终还是可以通过现量去证明，这个就是瑜伽现量和自证现量，所以并不是一种反智的不可知论，就像不可思议的上帝之类的观点，因此是一种非常科学的思维方式。

明白了这个前提之后，我们再看关于种子的问题就比较明朗了。
为什么要承认有种子的存在呢？两种思路对此既有相同点，也有不一样的地方。
首先，随理唯识的理就是因明的逻辑，基于现量和比量来观察的方式，比量实际上是现量的延伸和系统化，根本还是现量，所以我们首先看一下现量的情况。
按照因明的观点，所谓的现量有根识现量、意现量、自证现量和瑜伽现量四种。根现量和意现量是两个并列的心识活动，二者的本质都是自证现量，这两个现量形成了凡夫对于世界的所有认知的基础；瑜伽现量就是超越凡夫普通心识状态的心识活动，它的本质也是自证现量，所以这样来看就很简单了，根现量和意现量属于凡夫的认知能力，瑜伽现量属于凡夫认知能力之上的所谓圣者的认知能力，包括阿罗汉和菩萨，最究竟的瑜伽现量就是佛的瑜伽现量，也就是随教唯识的教的来源。因此两种思路的区别就在于在判断的时候是依靠根现量和意现量的经验，还是瑜伽现量的经验；而二者的交集在于都是自证现量在不同条件下的具体实现，所以就确保了二者并不是自说自话的割裂，也不是混为一谈的混淆，这种内在的关联性使得佛法的真理可以真正的被我们所认知。

那么，从随理唯识的角度来说，世界的存在首先体现在根现量上面，也就是说，我的眼睛看到了这个认知作用本身在形成的时候我已经默认它的真实性了，这是一种默认的状态，并没有什么逻辑性，也没有经过自己的论证，所以就叫做俱生无明。
这个真实性一旦确立之后，那么剩下的心识活动只不过都是去论证这个真实性而已。比如意识参与进来对其加以标注、诠释，形成一个明显确定的意识——“我看到一个瓶子”，接下来我们的心识需要解决这个瓶子“从哪里来”，然后“到哪里去”的问题。为什么呢？因为这里又有我们凡夫认知模式中的第二层默认，就是凡是真实的东西，必然有来处和去处，这个就是遍计无明。
这两重默认的观念，形成了凡夫认知模式的基础，就像操作系统的主程序一样，剩下的都是围绕这两个默认的设定值在运算的，这种默认就是我们在学习中观的时候所说的“预设前提”，无明就是预设前提，就是不讲道理就死死的认定一个结论的意思。

因此，从随教唯识的角度来说，既然外境不可能真实的存在，那么我当下明现的现量并非是无根之水，必然需要一种合理的来源，否则名言中所有的现象都混为一谈了，但是从我的认知经验来说，所有的现象明明是千差万别，历历在目，互不混淆的，所以混为一谈的来源必然是不合理的，那么这种不同现象的不同来源，就叫做种子，但是种子并不是凡夫现量所见的对境，只能是通过比量的逻辑来证明其存在的合理性，这就是随理唯识的种子说的建立过程。

而对于另一部分人来说，虽然也是凡夫 也存在同样的预设前提和默认观点，但是他们在建立唯识的理论过程中，并不是站在自己自证的基础上来建立这个自洽的逻辑的，而是依据相关的经论，比如《楞伽经》和弥勒菩萨的唯识五论来观察万法唯识和种子说，这样的两种理路就导致了随理唯识在最终抉择自证现量的时候，无法突破第一层默认观点，从而执着心识有一个真实的自证分是“不空”的，而这种不空的明觉之上建立的种种差别是遍计的，不存在的，这样虽然能够破除人无我和粗大的意识分别的执着，但是对于最根本的执着却无法突破，因此麦彭仁波切曾经说，如果这些随理唯识宗的论师不是为了示现来接引某些根基不够彻底的众生的话，则连初地菩萨的境界都无法证悟，更遑论解脱成佛了。

而从随教唯识的角度来说，站在佛的遍智来看，凡夫心识前呈现的一切显现根本上都是不存在，心的明觉也是远离一切戏论分别的，所以凡夫不管从空或不空，真实或者虚假，存在或者不存在来描述心的本质都是徒劳的。
但是为了引导凡夫最终认识这个真相，佛还是随顺于凡夫的思维模式，安立了种子和现行二者结合而构成的唯识之道，帮助我们基于两种默认的前提这样错误的认知模式而逐步认识到自己的错误，在认识到错误的同时彰显出真相。这个真相是什么呢？就是远离一切戏论的法性如来藏的本来面目。
那么，到底种子是我们意识假设出来的，还是真实存在的呢？这里面就牵涉到凡夫所谓的真实是什么的问题了，要搞清楚这个问题，就必须再回到前面所说的量的问题上。
也就是说，有基于凡夫量的真实和基于圣者量的真实两种情况。基于凡夫的量来说，现量只能缘当下，不可能缘过去未来，所以即使是阿赖耶识的现量也不可能缘过去的种子或者未来的现行果法。而这个当下也不可能真正的存在，因为当下的存在需要依靠过去和未来的存在而建立的缘故，所以从理证上唯识种子说就陷入了一个难题，而在实证上也容易与非想非非想处定相混淆，但是因为持随理唯识观点的这些修行人有皈依和传承的加持力，到了这个时候基本上都能够突破这个俱生无明的局限而进入随教唯识的观点中的。

站在随教唯识的角度，依靠佛的尽所有智，现量照见凡夫虚幻执着前虚妄显现的三世轮回的一切景象，也就是说，在佛的瑜伽现量前是没有过去现在未来三世的局限性的，因此随理唯识宗的难题于此并不存在，但是也不至于像凡夫遍计想象的那样，在当下的显现之外某个不可触及的地方有一堆叫做种子的东西存在，而是在凡夫每一个念头，每一个明知的当下，既包含了形形色色的显现，同时也蕴含着无穷无尽的可能性，这种可能性就叫做种子，显现就叫做现行，二者并非一体或者他体的简单存在，而维系于心的分别这种根本的执着本身上，也就是说每一念的分别本身，都包含了确定的某些显现以及不确定的无限可能性。假如没有了这种预设前提的与生俱来的分别执着，所有的显现和可能性都烟消云散，因为本来就没有存在过，这就是超越轮回和涅槃的法性。

为了尽量说清楚这个问题，前面绕的有点远，这里再结合主贴的问题再归纳一下。
从凡夫的境界来说，种子作为阿赖耶识本身的一部分功能，我们可以说种子是阿赖耶识的所明，但是这并不是眼识见柱子那样的能明所明，而是把阿赖耶识自明自证本身叫做种子的存在，这是一种极为细微的能所观待，所以种子也并不是意识一种空穴来风的假设，就像龟毛兔角一样。但是像很多人所理解的那样，就像山后面的房子那样的一个隐蔽性的存在的种子，是不存在的，只是一种假设而已，这也解释了为什么有人进入很深的禅定的时候具有宿命通和他心通天眼通等的原理，就是在阿赖耶识的层面对于种子的认识清晰化具象化了，不像我们现在是一种笼统性的总体执着。
从佛的瑜伽现量来说，类似于阿赖耶识本身的自明自证，但是由于没有了人我执和法我执的粗细障碍，佛的智慧在照见三世的时候一方面是全面的，顿然的，彻底的清晰，而不像凡夫禅定时那种具有指向性，阶段性和局部的明了，在这个层面来说，更加没有很多人所误解的那样，就像山后面的房子一样的隐蔽性的存在都执着了。

感谢，解答这么详尽，非常适宜我这种没有很系统地学习唯识而且没学因明的人