天猫保证金的退还和天猫软件服务年费的退还是存在着本质性的区别的。天猫软件服务年费的退还是天猫商城为了鼓励商家扩大经营、更好的去服务于消费者，会有条件的给予商家天猫软件服务年费折扣优惠。而天猫保证金的退还就是商家在被清退或者是申请退出时，天猫商城将商家所缴纳的天猫保证金退还给商家。所以我们可以看出，天猫软件服务年费的费用返还是天猫商城提供给商家的福利，而天猫保证金的退还是商家不在天猫经营以后，天猫商城将其缴纳的押金进行退还。
　　商家在申请退出天猫商城时，或者设备天猫商城进行清退，需要将所有的环节进行完成以后的30~40天，天猫保证金会自动解冻到店铺支付宝账户。假设商家如果在经营过程当中保证金受到了相应的处罚，作为违约金来进行使用，而且到申请退出时保证金的余额已经用完。那么商家在申请退出天猫商城或者是被天猫商城清退时，不会有任何保证金进行退还。