北海篇
第一次到北海，把图鲁维消灭后，码头会有人告诉霸者之证的事情，在汉堡的教堂听说过。中间碰到格尔哈特的徒弟，打败之后有一段谈话，后这个孙子跑到新大陆投奔玛尔德纳海盗了。到汉堡的教堂，杏太郎听见了教堂赞诗，十分动听。他去动了动发出声音的风琴，竟然地板下就出现了一个洞。从洞里面拿出了几个木偶，出现一个小游戏，要把两对木偶放到一起，多试试几次，尽量把女性木偶逼到角落就可以了。完成游戏，得到神秘小物品“红色的染料”。
第二次到北海。我是9月7日进的伦敦（不知道是否一定这个时间，因为这是女王的生日），进伦敦酒馆（7日），听说英国舰队再次打胜了西班牙舰队，并从中获得了有关北海霸者之证的东西。大惊之下得知英国国王会在不久后开生日宴会，这样就可以接近海军提督了。于是，去伦敦王宫。有人正在谈论那次海战，又说到了名字叫“克丽雅”的女子，她本来是和西班牙王族有婚约，由于不是王室正统，西班牙不予接受，导致停战协议也没法提交。虽然很丢脸，克丽雅出现在了国王的宴会上，是一个绝色美女。国王这时出来，把海军提督克利福德介绍给了大家。就是他打败了西班牙舰队。卫兵这时注意到了阿芝莎，他们跑到中庭却见到了克丽雅。一会，又看见克利福德。克利福德很有绅士风度的邀请克丽雅陪她走走聊天。当国王派卫兵来叫克丽雅的时候，两人才知道互相都是大名鼎鼎的人物。阿芝莎被发现了，他们想杀不出去，于是制造失火的恐慌。当克利福德冷静的控制了局势后，两人已经逃跑了。出去转一圈，回到伦敦王宫，会有两个贵族妇人在讨论克丽雅的事情。克丽雅的婚事已经决定，嫁给法国一个领主，是为了和法国结盟共同对抗西班牙。克利福德和克丽雅两人虽然相恋，但是不会有前途。还有一个可怕的传闻，是要密谋杀死克丽雅，加深两国人们对西班牙的仇恨。阿芝莎听的毛骨悚然，政治阴谋太可怕了。到南特附近水域，海盗在攻击一只舰队，竟然是克丽雅的船。海盗挂上了西班牙的旗帜，奉命杀死克丽雅。在这个时候，克利福德的舰队出现，他是来救克丽雅的。英国海军另外一个提督史特科一直在海盗身后观战，看见克利福德来到，害怕暴露真相，准备消灭克利福德。克利福德大吃一惊，阿芝莎出手相助，打败史特科舰队后，克利福德也从着火的船中救出了克丽雅。两人依依不舍，但是为了英国的未来，为了祖国，克丽雅必须下嫁法国。克利福德缠绵结束后，出来感谢，他大概也明白了事情的原委，也发誓要把自己的地位提高，随后他把神秘小物品“老旧的羊皮纸”送给了阿芝莎。出港，合成地图，得到5北海霸者之证狩猎弓箭。
注意：
如果拿不到羊皮，记住，试着要9月7日去伦敦，酒馆触发克利福德剧情。一个月后会伦敦，皇宫继续触发克利福德剧情。然后去南特触发克利福德结局剧情，给你另外半张地图。
地中海（一）
来到马德拉的的酒馆，询问关于女儿的事（弗利奥•埃涅科），发生了剧情……..有人用纸条告诉他“明天再来”。去休息一天后，来到酒馆，知道了梅卡德夫人现在在里斯本葡萄牙大臣阿博科鲁克那里。远在新大陆，塞西利亚一人座在桅杆的高处，因为她想站高一点看看故土——西班牙，蒂亚也在旁边安慰塞西莉亚。来到里斯本，阿博科鲁克出来接见。特欧贝尔德把阿芝莎介绍给母亲，说这是可以帮助她的人，因为他是几个霸者之证都拿到的。梅卡德夫人希望阿芝莎把得到的霸者之证留在这里，供其研究，同意了，而梅卡德仍愿意和阿芝莎一起去寻找女儿。
新大陆
到圣胡安，开始寻找赛西利雅，赛西利雅的母亲说是在一个值得信赖的人哪里，是谁呢？现在新大陆的形势，埃斯康特在新大陆本土扩张，玛尔德纳德名义是古巴总督代办，其实是一名海盗，他在加勒比海的岛屿上扩张。同时，一位勇敢的带有印加血统女孩恰斯卡率领着昆延韦拉斯，不过据说也是埃斯康特的部下。猜测其父亲可能正是在给他刀靴的那个部落头领那里，部落是一个属于前印加帝国的后代。现在没有办法，于是决定先收集情报。到了马开波罗，看见西班牙统治者压榨当地的印加居民，让他们到矿山干活，过着生不如死的日子。同时找到了恰斯卡，但是没有说到正题，她就离开了。到了委拉克路斯酒馆中，看见了埃斯康特正在和其手下布兰科对话，他们正在议论恰斯卡，说不应该给他舰队。
在特鲁希优的酒馆，老板认出了“太阳图纹刀靴”，说这正是印加祭祀的产物。去贝略港，，恰斯卡亲自来找你，她想联合你共同对付埃斯康特。她利用埃斯康特的资金筹划了舰队，表面遵从埃斯康特的命令切断玛尔德纳德的资金来源，暗中积累实力，想解放当地受压迫的同胞。接受同盟的建议，打听赛西利雅，恰斯卡说他在安第斯内陆研究草药，恰斯卡愿意帮助联系赛西利雅。
宣战吧，打败埃斯康特后。回到波多韦罗，恰斯卡已经把赛西利雅找到了，父女相见，格外激动。恰斯卡问阿芝莎来新大陆的目的，当得知并不是为了个人野心后，盛情邀请去参加他们光复国家的盛大祭祀。在旅馆，晚上，特欧贝尔德来找到阿芝莎，说到了霸者之证的事情。新大陆的霸者之证的线索就在波多韦罗的遗迹马丘比丘之中，但是有一个谜语，谁也解不开。参加祭祀，发生马丘比丘事件后，得到“典礼用的小刀”。转了2个城市后，在码头，把“典礼用的小刀”放入“太阳图纹刀靴”中，得到了地图“比塔科史的刀刃地图”。然后去找到6新大陆霸者之证“契幕的斧头”。
地中海（二）
回到里斯本，特欧贝尔德一家团聚！阿芝莎问霸者之证秘密研究出来没有？阿博科鲁克突然告诉杏太郎，霸者之证已经不再葡萄牙了，他交给了巴鲁迪斯。原来巴鲁迪斯威胁葡萄牙不交出霸者之证就要开战，葡萄牙根本没有实力和西班牙一战，为了葡萄牙和其王室，阿博科鲁克不得不这么作。塞西利亚的母亲并不知道这件事，但是她仍然非常责怪自己。杏太郎听完阿博科鲁克的话后，决定向巴鲁迪斯宣战，阿博科鲁克向杏太郎道歉，同时敬佩杏太郎的勇气！
在里斯本港口，在战斗即将开始的前夕，出港吧，战斗吧！在塞维利亚，巴鲁迪斯同时准备向阿芝莎开战，无敌舰队向里斯本海域驶来。一场艰苦的战斗，一共需要击败4支舰队，一次打赢，把西班牙无敌舰队消灭了，夺回全部霸者之证，并且得到了神秘小物品“青铜制的油灯”。
在收谢尔事件发生后，得到“画有图案的布”。在码头，用“青铜制的油灯”的火烤“画有图案的布”，得到地中海霸者之证的地图“库雷欧不罗的不地图”。然后现在可以找到7地中海霸者之证“阿葛曼侬的面具”。
7个证都拿齐了。但未完。须打掉游戏初期攻击你的两个海盗，然后10月1日去杭州工会，提示你去找“有间客栈”。 “有间客栈”在琉球。然后按照提示去南乔治亚岛，然后会里斯本通关剧情。