研究显示，3 种HPV疫苗接种后均可能引起接种部位或全身反应等不良事件，以局部反应为主，多表现为一过性轻度至中度症状。
常见的局部反应：疼痛、红斑和肿胀等；全身反应：主要有发热、头痛、眩晕、肌肉痛、关节痛和胃肠道症状（恶心、呕吐、腹痛）等。
这与一般疫苗的常见反应相似，不必过分担心。
全球疫苗安全咨询委员会2017年发表的评估意见认为HPV疫苗具有非常好的安全性；双价和四价HPV疫苗与脑膜炎球菌结合疫苗、甲肝疫苗、乙肝疫苗、甲肝乙肝联合疫苗、无细胞百白破疫苗和脊灰灭活疫苗同时接种均具有较好的安全性。