第一个是关于426是否像剧情给的那样枪杀了几人然后被森村击毙这一点，后面给出解释是井田告诉森村那几人是426杀得，森村信了只能杀了426。然而实际上是那几人想传送时发生意外，数据不全所以没有再现出来，所以426没有实力动手杀人。那就有疑问了，森村喜欢426，所以给安部移植了一些426的记忆，426把这些记忆改成第三视角，然而安部记忆里得知他又是杀人了，根据剧情来看，记忆不是创作出来的，都是保存然后放回身体里的，这里426有没杀人不是矛盾了么？

第二个没那么有所谓，只是问问，就是2188年的绪方会长，他想让2188年的森村博士帮她覆盖记忆到新世界的绪方身上，后面咋了？没理解，实际没登场也就是他计划没成功，谁阻止了么？是因为瑛杀了2188的森村？但是即使2188的森村被杀了，她的记忆还是放到系统了啊，绪方老爸的就没放么？还是说只是她太晚出来甚至没时间干那个

看了一下2楼的回复给Lz顺一下事件大概发生的顺序哈~
第一轮：
（前略）
怪兽袭击 扇区1；
426、森村、冲野逃往地底，发现万物中枢；
冲野牺牲，将426、森村"上传"到第0区；
世界毁灭。
第二轮：
世界完成重置；
426、森村按第一轮最后的状态被“配置”在堇桥上；
（略）
426、森村为了阻止世界再次毁灭，破坏宇宙开发计划（其实是没意义的）；
426被抓、森村逃离；审讯中，怪兽袭击 扇区1；426趁机逃离；
森村开始在各扇区间组织人手对抗怪兽（如在扇区2找到井田和如月）；
（略）
426与森村合流，这时426以为可以靠杀掉携带D代码的主角众15人来实现阻止怪兽来袭，于是开始了Lz说的杀人行动，这轮的鞍部十郎、关原、东云、冲野等被杀；
森村赶到，阻止了426，并用枪击晕了426（游戏画面里明显可以看到是使用了类似于后面药师寺使用的魔法枪，而不是关原使用的那种枪）；
【另外，在后面的“堇桥对决“中，426也明确提到过，“我在最终之战前上传了备份到第0区”，而426屠杀事件和最终之战不是发生在一个扇区的，可以得出他当时是没有死的】
（略）
最终之战战败；
三浦、比治山、如月、玉绪撤退到万物中枢想要上传到第0区，上传过程中发生爆炸导致上传不完整；
森村牺牲自己，将井田传送到第0区；
世界毁灭。
第三轮（也就是本轮，我们玩家主要操控的部分）
世界完成重置；
森村因为第二轮没能上传自己到第0区，按第一轮最后的状态被“配置”在堇桥上；（有世界毁灭过的记忆，有和426共同生活的回忆，但没有第二轮里与他并肩战斗的记忆）；
井田按第二轮最后的状态驾驶着92式双足机兵被“配置”在堇桥上（他自己也以为是穿越回过去了）；
426按第二轮最后的状态“配置”在不明地点，暗中行动；
（略）
井田将第二轮失败的原因归罪在426身上，又因为如月等人没能顺利传送，深恨426，对森村谎称是426杀害了如月等4人；
森村与426在堇桥对决，森村杀死了426；
（略）
井田将如月AI下载到人形机器人中，森村通过和如月的对话，意识到误会了426，大悔；
（略）
井田为了机兵计划等相关技术问题，从第0区下载了426的资料，研究过程中，如月机器人进入研究室，426趁机夺取了如月机器人，相当于在第三轮“重生”了；
（略）
机兵污染事件爆发，关原被强制传送到扇区1，与伪装成如月机器人的426相遇，并最终将它带离了这里
（后略）
大概就是这个样子~

森村在董桥上再杀了一次426是因为有了上次轮回，426杀了人的记忆（真实发生），还有上次轮回穿越逃脱时遭到袭击（导致了一些人穿越受影响）被骗说是426干的，其实只是一次意外。。。426的确杀了人，两次被森村杀，森村被骗的内容是上次穿越逃脱时遇袭是谁干的这件事，而不是426是不是杀了人