1.细菌感染：食物残渣容易导致细菌，在细菌的作用下，它们会慢慢腐烂、变硬，形成结石。
2.药物因素：高血压药物、止痛药和抗抑郁药物等处方药，也可造成扁桃体结石。这是因为这些药物产生的副作用会使口腔发干，这意味着扁桃体没有充足的唾液把食物和细菌冲走。当钙化食品、黏液和细菌形成的结块残留在扁桃体的凹陷处时，就会形成扁桃体结石。
3.年龄：成人扁桃体更大，扁桃体表面凸凹不平。随着扁桃体生长，这些“坑洼”会变得更大，使食物更容易残留在里面形成结石。