第一点就是关于和谐版和没和谐版:
本来以为默示录修复版会很绅士，但实际玩的时候因为剧情压迫力和nds的画面，导致观感上没什么特别色的，反倒是有股看到那么多角色被一行红字一笔彻底杀掉的悲凉。然后难度方面我只能说晴天队永远滴神，白银山8连战y喷m火鸡杀疯了

第二点就是三传之间的故事联系:
启示录作为主线，主要视角是克隆响（内部是赤红灵魂），最终结局是碧蓝和赤红的爱情悲剧。
外传是穿插了启示录，主角是自定义的新角色（因为用的是），而且剧情上交织的很复杂，我有点没理清楚，稍后补充
默示录是启示录的补充，两周目分别是对应了外传发生前，启示录主线部分时间。以及应该是外传发生的时间后，启示录主线结束后十年的剧情

默示录主要视角是琴音，讲了琴音和响的爱情悲剧，并且对启示录故事进行了补遗

下面讲讲自己玩了一遍后模索出来的三代剧情，就是一切从赤红在白银山被阴后，大木开始研究生物兵器，渡开始扩大势力，残暴统治。在一段时间后，一个响（默示录男主）的克隆体产生了影响世界的变化，这个克隆体里面是赤红的灵魂。因此整个世界就像被一个齿轮带动的机械一样开始运转。克隆响是为了找回自己和爱人碧蓝而行动，同时，琴音也为了和真的响过上安稳的日子而行动（只不过她一开始就以杀了渡为目标）

在一路艰辛后（琴音只身收拾了其他几代馆主冠军，阻止了其他势力的入侵，同时招安了工具人坂木赤木还有彩虹队长），又回到了重要的剧情地点，白银山。在这里克隆响暴走，一路打翻上去，连大木最强都生物武器极梦（赤红的身体和梦幻融合的产物）都不是他的对手，然后离开了白银山（启示录），极梦之后也朝北离开（外传）。在各方人马精疲力尽后，琴音跟在后面，在处理了元老院的人马后，和想要不吃琴音软饭、获得天王资格或者馆主资格而保护渡的的阿响一战后，阿响为了保护偷袭渡的琴音，还有中间入队的银，他俩为琴音挡下了破坏死光，愤怒的琴音一脚终结了渡的性命。然后是一段官方迫害古拉顿。

失去了响的琴音不甘心，听了藤田警部（这个角色身上也有很多剧情，之后再讲）和大木的话，决心去找雪拉比来回到过去（默示录）。在这个过程里，发生了外传的剧情，720准备灭世，被极梦暴揍，然后极梦被外传主角击败后，觉醒了赤的意志，和碧蓝二号在主世界消逝（还有一个结局是碧蓝通过雪拉比知道了未来总有一日她和赤会相见，把自己冻了起来）。然后修正一点，之前白银山一战后极梦就是被揍了，是在外传里打过720后才暴走

同时时间回到白银山之战后，克隆响和碧蓝（这个碧蓝应该是之前真正的碧蓝的精神变化而来的，推测理由会在后面说）找到了720二人来到了新的世界，同时720准备开始去毁灭那个旧世界（当然失败了），在新世界的阿响和碧蓝最后会有最终一战，这一战也是分成两个结局的。赢了，碧蓝会表示自己实际上早就死了，是强撑着到现在，之后变成藤蔓怪消失（结合这点，这个碧蓝如果按照宝石版本的都市怪谈，可能是和赤红在一起的最初碧蓝某个时间死掉了，又复活的，也有可能是碧蓝一号）

另一个结局是输给碧蓝，碧蓝会表白赤

到此为止，启示录碧蓝和赤的故事线就结束了。中间实际上有很多穿插的剧情，比如在赤被绿阴了后，碧蓝被洗脑和绿结婚，有两个孩子（但剧情表示都是藤田警官的） ，碧蓝表示从藤田警官身上感觉到了某人的影子，藤田也表示如此（可能是指琴音）之类的。

因为默示录是最近通关的所以记忆的比较清晰。也是在这一作里面，二周目讲述了在上面那些剧情发生后以及之间的故事

琴音在通过雪拉比回到过去后先下手为强，在打败道馆首领和四天王后，去干死了渡。中间遇到夏伯可以知道渡是夏伯的儿子，琴音就是那个渡和舞女的私生女。（怎么都是和舞女，之前一周目响也是和琴音的闺蜜出轨）。

对了，在外传里面，藤田和还是小孩的若紫父女生活在了一起

在杀掉渡后，大木博士也通过雪拉比穿越了过来，这里时间点是推断剧情的一个重合点，启示录外传时间线和720大战后，默示录二周目琴音找到雪拉比后大木也找到了雪拉比，这两个时间点应该是十分近的。然后响又替琴音挡了一炮，死了。这里大木说他把雪拉比杀了导致了后面的悲剧。在击败大木后，悲痛欲绝的琴音想要穿越时间也因为大木说把雪拉比（应该是这个世界上的雪拉比，因为外传碧蓝队伍里还有雪拉比，而且穿越世界后按理来说是彻底无法回去的）杀了琴音和藤田（又是他）交谈得知时间神作为720分身能把人送到别的时间，便前去寻找，在又一次穿越后，琴音回到了这个系列最后的时间点。

到这里琴音发现自己回到了石英高原，两伙人即将开战。一伙是若紫带领反抗军，一伙是墨染带领的冠军势力。琴音在询问墨染后才知道，这个世界是之前的时间，那个她十年前把响埋在紫苑镇的世界，这时琴音已经绝望了，将一件道具交给若紫后，就前往紫苑镇做最后的告别，之后就前往了白银山，跳崖自尽了