清朝灭亡不过数年，冯玉祥将军北行外蒙古，在许多主张蒙古脱离中国的当地人交谈，在游记中引述了他们许多言论：
【谈到人口，蒙古本有一千二百万人。在满清长期统治之后，今已减少至五十万人。满清利用喇嘛教以统治蒙古人民，凡有兄弟八人者，七人须当喇嘛，兄弟五人者，四人须当喇嘛。仅有一人可为娶妻生子的平民。当喇嘛者有红黄缎子穿，又可坐享优厚的俸禄。女子没有充当喇嘛的福气，但又难找得相当的配偶，于是都做了内地人泄欲的对象。因为由本部内地来的文武官吏及军队、商人，都以道远不能携带家眷，他们都可以在这里找到临时太太。
一方面是七八个蒙古男子仅有一个妻子，一方面是一个蒙古女子，有若干的内地人为她的临时丈夫，事实上形成一个乱交的社会。同时男女卫生都不讲究，染上淋病、梅毒以后，惟有听其自然。当时活佛即患梅毒，烂塌了鼻子。
据说目前检查结果，蒙古青年十七岁至二十五岁者百分之八十五都患有花柳病;二十五岁以上者，所占百分比自然更大了。这种现象是太可怕了，若任其继续存在，马上就会有灭绝种族的危险！
那次和蒙古国民党的朋友谈及这个问题，他们把这一点也作为他们脱离中国而独立的理由。他们说：‘你看，中国政府就这样防制我们，使我们即要灭种，使我们民族无法生存，你看我们怎么还能和你们在一起？’】 ——冯玉祥《外蒙古行记》

大航海时代来临后，西班牙人将梅毒从新大陆带来，向全球扩散；这一明朝以前不曾有过的可怕疾病，也因此在卫生环境不佳的草原泛滥开来。而梅毒是可以通过母婴直接传染的“胎毒”，就更加严重影响了人口增长。
建国后有个统计数据，1950年在内蒙牧区成立性病防治所时，牧区性病患病率高达59％，或者说五个人中就有三个患病；人民政府花了十五年时间，1965年将其降低到0.5～2.4％，1977年复查时未再发现新患及先天梅毒儿，历时二十余年，始将其杜绝。
换言之，若非新中国的社会改革和性病救治，而任由喇嘛教愚民统治下去，恐怕不出30年，50年，则清末只剩区区五十万人口的蒙古民族，恐怕真的要亡族灭种了。
对反叛的蒙古部族，满清更毫不客气严厉镇压，而且大量派遣亲附清廷的蒙古部族与之对战，也变相起到了“减丁”效果。
满清对蒙古可以称得上“部族灭绝”的行径，便是屠灭准噶尔部。

经历康雍乾三代帝王数十年战争，攻灭准噶尔汗国这个大敌后，因为之前的带路党阿睦尔撒纳降而复叛，并得到准部各部族广泛响应；因此清廷对准噶尔蒙古，改变了之前类似内外蒙古那样分而治之的既定策略。
除部分忠于清廷之准部王公的部族得以保留外，乾隆帝下令将其余各部的男丁尽数屠戮，女子和幼童分赐给有功官兵，“尽唤男丁而出，屠戮有声”，卫拉特草原“数千里内，遂无一人”。
本来准噶尔各部就因那几年爆发天花，人口因疫疾减员惨重，再经此番大杀戮，数十万部众被处死，仅一小部分逃逸至邻近的哈萨克汗国，为哈萨克人同化。“准噶尔”也变成了一个今天仅代表准噶尔盆地的地理名词。

【“必应全行剿灭，不得更留余孽”“此次进兵非同一般，各将厄鲁特彻底剿灭，永绝根株”“大兵进剿，厄鲁特等自必畏罪投诚，如有前赴巴里坤者，即将伊等头目先行送赴京师，所属人众亦随即移至内地。过巴里坤后，其应行剿戮者即行剿戮。所余妻子，酌量分赏官兵，母得稍存姑息”“如稍怀叵测，即移至巴里坤，再令移入肃州，即行诛戮”“厄鲁特俱行剪除，回众自必倾心归顺”】——乾隆帝（爱新觉罗·弘历），出自《清实录·清高宗实录》、《御定平定准噶尔方略》
【时厄鲁特慑我兵威，虽一部有数十百户，莫敢抗者，呼其壮丁出，以次斩戮，寂无一声，骈首就死。妇孺悉驱入内地赏军，多死于途，于是厄鲁特种类尽矣。】——清代史学家赵翼《皇朝武功纪盛》
【合围掩群，顿天网而大狝之，穷奇浑沌梼杌饕餮之群，天无所诉，地无所容，自作自受，必使无遗育逸种于故地而后已。计数十万户中，先痘死者十之四，继窜入俄罗斯、哈萨克者十之二，卒歼于大兵者十之三，除妇孺充赏外，至今惟来降受屯之厄鲁特若干户，编设佐领昂吉，此外数千里外，无瓦剌一氊帐。】——清代思想家魏源《圣武记》
【其他诸贼，既降复叛，自取诛灭，草禽无噍类，固无论已。此固厄鲁特一大劫，凡病死者十之三，逃入俄罗斯、哈萨克者十之三，为我兵杀者十之五，数千里内遂无一人。苍天欲尽除之，空其地为我朝耕牧之所，故生一阿逆以为祸首，辗辕以至澌灭也。】——满清礼亲王昭梿《啸亭杂录》
满清乾隆帝下令屠灭准部的动机，当是数十年对准战争消耗钱粮无数，担忧其反复，想一劳永逸解决问题。

之前清朝攻灭准噶尔汗国，收取天山南北两麓，客观说当然是一大历史功绩；但随后这次大杀戮，即使不以道德因素评判，仅以纯利害角度，也是弊远大于利的。乾隆帝“厄鲁特俱行翦除“，从此一劳永逸幻想，随即被黑水营之围狠狠打脸。
综上可知，蒙古作为一个曾经征服过大半个欧亚大陆的强悍民族，在满清统治下衰落沉沦、几近灭亡。因此其先进分子竭力主张和汉人革命者一道反清，曾在《民报》发表了《蒙古与汉族结合共伸讨满复仇大义之宣言书》：
【满洲分割我蒙古部落，建汗封王，以相牵制，使势力消散。除此之外，置将军，都统，办事大臣于各地方。以握我实权，制我死命。而设喇嘛教一端，设计之毒，以灭我蒙古种族。期间历史时间之长，非数万言不能磬，实与吾蒙古不共戴天之仇也。吾蒙族不排满复仇则已，如排满复仇，舍与汉族结合其谁与归。今吾与汉族同患难，共死生，同谋大举。则异日汉族之于我同幸福，同乐利，同居于平等地位，同建一共和政府，同行一共和宪法。自今与往吾蒙族之生命，生则与汉族同生，死则与汉族同死。吾蒙族之土地，存也愿与汉族同存，亡也愿与汉族同亡，两族一心，同谋复仇，同谋排满。】

可惜其「吾蒙族之生命，生则与汉族同生，死则与汉族同死，吾蒙族之土地，存也愿与汉族同存，亡也愿与汉族同亡，两族一心」的庄重承诺，至今尚未实现，173万平方公里（今蒙古国+唐努乌梁海）宝贵土地，仍待收复。
冯玉祥将军误信蒙独分子之言论，将其转述记录，固然不妥；但他当时的反驳还是很有力的，即使从今天看也是三观甚至：【你这是什么话？这明明是满清政府防制你们的，怎么说是中国政府？我们中国内部的人民，不是和你们受满清政府同样的压迫和虐害的吗？】

铁一般的历史事实证明，满清统治下，得益的只是极少数蒙古王公，绝大部分蒙族民众都是苦难深重，在精神鸦片麻醉和肉体盘剥双重重压下走向灭亡。
真正将蒙古民族从亡族灭种厄运拯救出来，令其焕发新生的，正是以汉族为主体的中华民族之新中国，这是泽及百世的大恩德。