先说结论：2.52乃至第二部后半的架构应该是进行了大改的。
第一个明显的矛盾点是三使徒。
2.1的时候队长曾经把狐狸算进了异星神的三个使者里，这个时候还没有使徒的说法。而狐狸在和迦勒底打照面的时候把异星神称作我等的主人，这和2.52里狐狸与异星神身份对等的说法是矛盾的。可见在2.1的时候狐狸依然是三使者之一，而村正这个时候还没加进去。到了2.2的时候正式出现了三使徒的说法，应该是这个时候蘑菇才想好怎么安排村正在主线里的位置，换了个说法来玩文字游戏。
说回2.52，其实什么预言从者，神秘弓这些不了了之的玩意，只是2.52大改体现出来的小细节。
真正涉及整个框架改动乃至影响到整个后半的，我之前就说过了，是2.51神必斗篷人立的flag——希腊异闻带已经完成了，这里没有弱点，不能用以前的攻略法，没有时间来学习，必须考虑完全击溃。一般来说这就是个希腊异闻带攻略会失败的flag，结果2.52不仅出了个带路党，对面还出了一堆二五仔，迦勒底还能和他们悠哉吃饭。
另外的比较重要的伏笔就是队长。2.1的时候队长表示老所长的纸上谈兵会由他来完成，2.51的时候队长表示异星巫女没能到达的未来会由他来实现，可见队长在第二部真相中的分量远不该像现在表现的这样游离在边缘，结果随着队长暴毙这些东西也没了下文。可以说2.52本该会揭露更多的真相，结果全部不了了之。
2.52的拉胯，我觉得樱井一个人的拉胯并不能使它拉胯到这个地步。只能是2.52原本的目标无法达成，最后迫不得已进行了重写。事实上看现在的2.52，光是填一部分坑挖更多坑就占用了那么多篇幅，可想而知本来要塞进去的东西根本塞不下，蘑菇自己也驾驭不了。本来该燃起来的决战燃不起来，本来该揭露的真相憋不出来，于是蘑菇收不了就把队长献祭了。
周年的时候蘑菇跳出来说伏笔收不完啦，我们准备了下半部以及更多的间章，回头看2.52塞不下重写也并不意外。