目前，已发现一些疑似与孤独症密切相关的肠道微生物或菌群组成紊乱。
菌群增多: 放线菌门和变形菌门在严重孤独症患者中明显增多 菌群减少: 大多孤独症儿童缺少普氏菌属肠型; 肠道中的厚壁菌门和拟杆菌门、真杆菌科、双歧杆菌，明显比正常儿童少。异常菌群存在:。
大约 50% 的孤独症患者中存在脱硫弧菌，还有过半的伴有胃肠功能障碍的孤独症儿童肠道中存在另一种肠道微生物 － 萨特菌，而正常人中未发现。肠道菌群检测，可联系。