1.剑介的皮套，里面是真嗣帮助明日香补完，这个大家都知道。最后把明日香传送到新三村车站，只是那是她14年的栖息地。
因为明日香在电影里最后说了她的“四个愿望，夸夸她，认可她，给她一个栖身之地，拍拍她的头”。
所以最后真嗣穿皮套，拍了拍她的头，夸了夸她，“明日香就是明日香”，然后最后认可她，回应明日香对真嗣的爱，真嗣也爱她，最后给了她一个栖息地，这样已经完整了，而不是给了明日香对象。
真嗣对明日香表白以后，明日香第一反应是害羞，代表她已经彻底补完了，变成了她所希望正常成长的普通女性。这个时候她转过身去不敢直面心上人而已。
再补充一点，14年里明日香对真嗣的感情，不仅没有变浅反而变深了，在第三村里明日香即使过了14年，内心已经成长了，但她还是深爱真嗣，真嗣回来以后，明日香身心只有真嗣。最后在抱着必死之心出发前，和真嗣表白，这时候明日香因为自己成熟了，不像14年前，不敢表露自己的心意。现在她可以直面自己的感情，而明日香此刻还是认为真嗣不成熟，不会回应明日香的爱。但最后真嗣在最后一刻勇敢的回应了。明日香也知道真嗣长大了，所以如果真嗣上前拦明日香入怀，一切自然水到渠成。只是在最后的时刻之前，真嗣表示“我能承受痛苦和心碎了”，所以含泪放手。让明日香自己选择自己的未来。而不是继续在明日香的人生里，限制她的选择。而这个未来不是说就是剑介，而是说一个开放的环境。
2.长发丽为什么抱孩子，因为有这么个细节，明日香把第三村的信和视频记录交给樱了，所以困在初号机（初号机是wille的能源中枢）里的长发丽是很有可能看到黑丽的一些生活信息的。所以长发丽是羡慕黑丽能有一种生活的。
长发丽最后表达的愿望是，“希望真嗣不用再驾驶EVA，以及真嗣拥有幸福及归处”。
然后真嗣表达他会创造一个没有EVA的世界，真希波会找到真嗣，所以可以让绫波丽自由的生活。于是绫波丽也补完了。
3.黑丽说的“我想和我喜欢的那个男孩在一起”，明日香说过，所有的绫波丽的情感都是**控的，所以这个男孩就是出厂设置的真嗣。
最后，旧世界的所有事情都留在了旧世界，真希波在新世界完成的初刻，借用八号机传送了过来，然后8号机最后以黑白线稿的形式结束最后一帧。旧世界的结束是画面越来越简单最后线稿，而新世界的开始是画面重新进行标注然后逐渐丰富彩色起来。所以8号机的消失也是黑白线稿最后一帧。
从最后的新世界情况推测，除了真嗣和真希波，其他人并不保留旧世界的记忆，以一种新的姿态生活。而其他人是否会因为命运继续纠缠在一起，这就是开放结局了。