排便是一个多系统参与、受多因素影响的复杂生理过程。以往认为功能性便秘的原因主要有：
（1）不良饮食和排便习惯，饮食量减少、低植物纤
维素饮食、进食无规律和进食时做其他事、液摄八量少者易发生便秘；（2）运动不足，缺乏锻炼者易发生便秘；（3）精神心理因素，工作压力大、精神紧张、心理负担大者易患便秘；
（4）滥用泻药，使肠道的敏感性降低，形成对泻药的依赖性。另外功能性便秘与性别（女性发病多于男性）、年龄（老人易便秘）、职业（脑力劳动者发病多于体力劳动者）等因素有关。
近年来，经过人体医学微生态专家和消化专家、肛肠专家联合对各种便秘进行研究、分析发现，除了像先天性巨结肠、肛门直肠狭窄等原因造成的器质性便秘外，其他各种功能性便秘的最初透因主要与肠道菌群失调有关。
肠道微生态学研究发现，我们的肠道是个菌群的世界，共生着2000余种、数量高达100万亿的肠道菌群，是人类体细胞总数的10倍，重约1.5公斤。这些菌是在婴儿出生后陆续进入肠道的（母乳喂养儿的肠道菌群主要来源于母乳），并伴随人的一生，成为人体的一部分。肠道菌群可分为以下三类：有益菌、条件致病菌、有害菌。正常情况下，凝结芽孢杆菌、双歧杆菌、乳酸枉菌、酪酸梭菌等有益菌占主导地位，肠道处于微生态平衡状态，即人体和共生在肠道及其他部位的100多万亿细菌之间，互为依存、互利共栖的和谐关系。已共生在肠道为主的100多万亿细菌，就如同地球的绿色植被对防止地表水土流失的重要性一样，一旦被破坏，就会造成肠道功能失调，诱发便秘、腹泻、肠炎等各种疾病。科学家已经证实凝结芽孢杆菌、双歧杆菌、乳酸杆菌、酪酸梭菌等肠道有益菌对人体主要有以下作用：
①拮抗、消除肠道有害菌并分泌短链脂肪酸，促进肠道健康和蠕动，促进正常排便。
②调控营养物质的消化吸收及代谢，促进人体健康。
③在消化道黏膜上通过占位作用构筑起生物屏障，阻止有害微生物的入侵、致病。
④调控人体的基因表达，参与人体免疫系统，特别是黏膜免疫系统的形成，对维护和调控正常免疫功能以及抗病防病起着举足轻重的作用。
经过微生态专家、消化专家和肛肠专家联合对便秘的病因研究发现，便秘与肠道菌群失调有密切的关系。2005年，Khali等分析比较了符合罗马Ⅱ标准的便秘患者和健康受试者（对照）的肠道菌群变化。结果如下表所示。临床研究结果显示，便秘患者肠道菌群结构发生了显著变化，与健康对照组比较，双歧杆菌、乳酸杆菌、芽孢杆菌等有益菌数量显者减少，大肠杆菌、葡萄球菌、腐败梭菌等条件致病菌（又叫中间菌）、有害菌比例相对增加，证实了便秘与肠道菌群失调是密不可分的。
肠道微生态学研究发现，当肠道内群平衡时，肠道内的凝结芽孢杆菌、双歧杆菌、乳酸杆菌等有益菌大量生长，产生充足的乳酸、乙酸等短链脂肪酸，一是增进肠道健康，二是促进肠道蠕动，人体就能按时正常排便。相反，当肠道菌群失调时，大肠杆菌、腐败梭菌、产气荚膜杆菌等条件致病菌和有害菌数量增多，产生腐胺、苯酚、吲噪等大量有毒物质，导致肠中毒、**而使肠蠕动减弱；同时有益菌显著减少，促进肠道健康和蠕动的乳酸、乙酸、酪酸等匮乏，肠道营养不良、蠕动力不足，导致大便在肠内滞留，患者就会出现腹胀、腹痛、便秘。便秘又能进一步加重肠道菌群的紊乱，形成恶性循环。然而，是什么原因造成了肠道菌群失调呢？研究发现，肠道菌群失调主要与饮食中的低聚果糖、聚葡萄糖等膳食纤维摄入不足有关，使用抗菌药有关。膳食纤维是一种不能被人体消化的碳水化合物，主要来自植物的细胞壁。研究发现，膳食纤维有助于维持正常的肠道功能，被世界卫生组织称为人类的“第七大营养素。美国食品药物管理局（FDA）指出，膳食纤维可润滑肠道，促进排便，补充适量的膳食纤维可有效预防便秘、结肠癌等疾病。尤其是低聚果糖、聚葡萄糖等水溶性膳食纤维，能促进双歧杆菌等有益菌的增殖，促进肠道蠕动，抑制有害菌的生长，解除肠**；而且它们大肠中还能像吸水的海绵一样，增加粪便的含水量使其变软，促进肠道的蠕动，加速排便。
国外研究发现膳食中纤维含量过低与发生便秘有相关性。那些便秘的小儿，日均膳食纤维摄入量显著低于对照受试者的摄入量。世界粮农组织建议正常人群膳食纤维摄入量应为27克/日，中国营养学会建议正常成年人每日摄入25~30克膳食纤维为宜，但目前我国国民从日常食物中摄取的膳食纤维只能达到8~12克/日。原因一是主食越来越精，二是日常饮食中膳食纤维的含量比较少，例如每100克大白菜中膳食纤维的含量仅为0.6克，即每天需食用4.5公斤的大白菜才能满足正常人体对膳食纤维的需求量。可现实生活中，这是无法做到的，一个人一天不可能吃下如此大量的蔬菜。
（1）不良饮食和排便习惯，饮食量减少、低植物纤
维素饮食、进食无规律和进食时做其他事、液摄八量少者易发生便秘；（2）运动不足，缺乏锻炼者易发生便秘；（3）精神心理因素，工作压力大、精神紧张、心理负担大者易患便秘；
（4）滥用泻药，使肠道的敏感性降低，形成对泻药的依赖性。另外功能性便秘与性别（女性发病多于男性）、年龄（老人易便秘）、职业（脑力劳动者发病多于体力劳动者）等因素有关。
近年来，经过人体医学微生态专家和消化专家、肛肠专家联合对各种便秘进行研究、分析发现，除了像先天性巨结肠、肛门直肠狭窄等原因造成的器质性便秘外，其他各种功能性便秘的最初透因主要与肠道菌群失调有关。
肠道微生态学研究发现，我们的肠道是个菌群的世界，共生着2000余种、数量高达100万亿的肠道菌群，是人类体细胞总数的10倍，重约1.5公斤。这些菌是在婴儿出生后陆续进入肠道的（母乳喂养儿的肠道菌群主要来源于母乳），并伴随人的一生，成为人体的一部分。肠道菌群可分为以下三类：有益菌、条件致病菌、有害菌。正常情况下，凝结芽孢杆菌、双歧杆菌、乳酸枉菌、酪酸梭菌等有益菌占主导地位，肠道处于微生态平衡状态，即人体和共生在肠道及其他部位的100多万亿细菌之间，互为依存、互利共栖的和谐关系。已共生在肠道为主的100多万亿细菌，就如同地球的绿色植被对防止地表水土流失的重要性一样，一旦被破坏，就会造成肠道功能失调，诱发便秘、腹泻、肠炎等各种疾病。科学家已经证实凝结芽孢杆菌、双歧杆菌、乳酸杆菌、酪酸梭菌等肠道有益菌对人体主要有以下作用：
①拮抗、消除肠道有害菌并分泌短链脂肪酸，促进肠道健康和蠕动，促进正常排便。
②调控营养物质的消化吸收及代谢，促进人体健康。
③在消化道黏膜上通过占位作用构筑起生物屏障，阻止有害微生物的入侵、致病。
④调控人体的基因表达，参与人体免疫系统，特别是黏膜免疫系统的形成，对维护和调控正常免疫功能以及抗病防病起着举足轻重的作用。
经过微生态专家、消化专家和肛肠专家联合对便秘的病因研究发现，便秘与肠道菌群失调有密切的关系。2005年，Khali等分析比较了符合罗马Ⅱ标准的便秘患者和健康受试者（对照）的肠道菌群变化。结果如下表所示。临床研究结果显示，便秘患者肠道菌群结构发生了显著变化，与健康对照组比较，双歧杆菌、乳酸杆菌、芽孢杆菌等有益菌数量显者减少，大肠杆菌、葡萄球菌、腐败梭菌等条件致病菌（又叫中间菌）、有害菌比例相对增加，证实了便秘与肠道菌群失调是密不可分的。
肠道微生态学研究发现，当肠道内群平衡时，肠道内的凝结芽孢杆菌、双歧杆菌、乳酸杆菌等有益菌大量生长，产生充足的乳酸、乙酸等短链脂肪酸，一是增进肠道健康，二是促进肠道蠕动，人体就能按时正常排便。相反，当肠道菌群失调时，大肠杆菌、腐败梭菌、产气荚膜杆菌等条件致病菌和有害菌数量增多，产生腐胺、苯酚、吲噪等大量有毒物质，导致肠中毒、**而使肠蠕动减弱；同时有益菌显著减少，促进肠道健康和蠕动的乳酸、乙酸、酪酸等匮乏，肠道营养不良、蠕动力不足，导致大便在肠内滞留，患者就会出现腹胀、腹痛、便秘。便秘又能进一步加重肠道菌群的紊乱，形成恶性循环。然而，是什么原因造成了肠道菌群失调呢？研究发现，肠道菌群失调主要与饮食中的低聚果糖、聚葡萄糖等膳食纤维摄入不足有关，使用抗菌药有关。膳食纤维是一种不能被人体消化的碳水化合物，主要来自植物的细胞壁。研究发现，膳食纤维有助于维持正常的肠道功能，被世界卫生组织称为人类的“第七大营养素。美国食品药物管理局（FDA）指出，膳食纤维可润滑肠道，促进排便，补充适量的膳食纤维可有效预防便秘、结肠癌等疾病。尤其是低聚果糖、聚葡萄糖等水溶性膳食纤维，能促进双歧杆菌等有益菌的增殖，促进肠道蠕动，抑制有害菌的生长，解除肠**；而且它们大肠中还能像吸水的海绵一样，增加粪便的含水量使其变软，促进肠道的蠕动，加速排便。
国外研究发现膳食中纤维含量过低与发生便秘有相关性。那些便秘的小儿，日均膳食纤维摄入量显著低于对照受试者的摄入量。世界粮农组织建议正常人群膳食纤维摄入量应为27克/日，中国营养学会建议正常成年人每日摄入25~30克膳食纤维为宜，但目前我国国民从日常食物中摄取的膳食纤维只能达到8~12克/日。原因一是主食越来越精，二是日常饮食中膳食纤维的含量比较少，例如每100克大白菜中膳食纤维的含量仅为0.6克，即每天需食用4.5公斤的大白菜才能满足正常人体对膳食纤维的需求量。可现实生活中，这是无法做到的，一个人一天不可能吃下如此大量的蔬菜。
