改掉开头的奇袭愚人众残党事件之前的大段计谋推演的对话和选项，旅行者连女士和都能给剁了，心海若是真有谋略，不可能不清楚这点儿愚人众对于旅行者来说只是挠个痒痒。
在调查愚人众营地的时候，把制作炸弹的原料改掉，让旅行者发现愚人众除了劫走商人的货物之外，还发现了一些珊瑚真珠，派蒙会纳闷愚人众收集珊瑚真珠干什么。回去跟心海汇报了这事的时候心海有了一些迟疑，此为伏笔。
回村还了商人清白之后，把归还货物这一段安排成让旅行者和心海一起跑腿，可以设置几个归还点，比如神社等等，但需要注意的是，此处没有提及那些珊瑚真珠还给了谁，有些玩家可能会注意到，但也有很多玩家会忽略此处的疏漏。接下来进入跟心海散步的剧情。

第二天早上，旅行者和派蒙一起去珊瑚宫等心海，却没有等来心海，只等来了一个匆忙跑过来的手下，他告诉旅行者说，心海有要紧事见旅行者，但不能在这个地方见，让旅行者跟他去，还说到了之后就明白了。引导旅行者去心海的秘密基地里。
主角迅速前往秘密基地，发现基地里被人破坏得一片狼藉，心海有气无力地趴在桌子上，此时手下还在和她争论。手下跟心海说，都这时候了，你就不要再瞒着向旅行者这个秘密，现在他是唯一可能救你的人，可是心海却还在坚持说，不能让太多人知道这件事情，她不想让海祇岛军心大乱。
通过对话得知，原来“现人神巫女”和雷电将军一样，是一种机械人偶，驱动心海的“能量”来源是聚集了雷元素的珊瑚真珠。平时使用的是4颗珊瑚真珠，相当于4节2号电池，如果能量没有了，她就无法再继续运转。但是昨天晚上她回到秘密基地的时候，发现基地被人恶意破坏了，还抢走了她所有的珊瑚真珠。
这一切都在她的预料之外，她从未想过有人会发现她的秘密基地，不仅如此，整个军队里知道这个秘密的人都很少，因为她不想让太多人知道她的致命弱点，所以一直等到早晨手下A过来巡查才发现出事了。
主角问道，珊瑚真珠在海祇岛上有的是，我们再给你采一些回来不就行了，心海说不行，她使用的是一种极为稀有的，可以吸收雷元素充能的“珊瑚雷珠”，以前那一批也是收集了很久（可以在一些和反抗军的闲杂对话里暗示这一点，说不知道为什么心海大人总让他们去收集珊瑚真珠），她剩下的能量不多了，她想省着点儿能量，不让庆功会上的大家发现她异常，但即便如此，她剩下的能量也撑不到谈判的时候。即使旅行者现在就去找新的珊瑚雷珠，时间上也根本来不及。
然后进入调查环节，把“还给我”加到这个地方，把调查发现的线索回报给心海后，她据此推断出是愚人众干的，怀疑愚人众已经知道了她的秘密。旅行者首先怀疑的就是知道心海秘密的手下泄密，但心海却坚持说，她相信这位手下是无辜的。

利用元素视野寻找珊瑚雷珠的去向，却发现元素踪迹指向了一个丘丘人营地。此时派蒙怀疑心海的推断错了。
这个地方可以有两个选择，主角会想起自己在蒙德认识一位丘丘人语言专家，可以先传送回蒙德城去问她一些内容怎么说，再传送回来。跟丘丘人对话后得知，珊瑚雷珠并不是他们抢走的，他们看到愚人众身上有一些雷元素特别丰富还亮晶晶的珠子就想抢过来，但是没有成功。随后主角继续元素视野寻踪。
当然了，也可以选择直接杀进去，然后调查了一圈发现没有珊瑚雷珠，剧情继续。
追踪一段之后，发现雷元素痕迹在某个地方断掉，地上散落着几颗碎掉的珊瑚雷珠，主角把碎片拿回去给心海看，心海解释说，珊瑚雷珠除了放在她体内当电池之外，就只能放在一些特定的地方，否则时间一长，雷元素的泄漏程度会越来越高，对其他人的身体健康造成损害，愚人众可能一开始不知道这一点，发现身体不对劲后就把它们打碎扔了。
看样子事情已经没有希望，然而心海掂量了碎片之后，向旅行者确认是否收集了所有的碎片，以及元素痕迹是否确实是在那里断掉的。
得到肯定的回答后，心海推断说，碎片的质量不对，所以愚人众可能并没有把珊瑚雷珠全扔掉，而是只扔了当时能量泄漏水平升高较快的那几颗。不同的珊瑚雷珠，泄漏值升高的速度是不一样的，而当时泄漏量低，留下元素痕迹不强的几颗，他们应该还保留着。无论如何，她都要去参加明天的庆功会，她希望旅行者保守她的秘密。
在庆功会上，心海说她感觉到了附近似乎有微弱的珊瑚雷珠的雷元素泄漏气息，通过元素视野调查，找到那个舞枪弄棒的高善（也可以像现在这样，强行安排对话剧情引导到高善那边，然后发现珊瑚雷珠的泄漏气息是从他那儿出来的）。

接下来安排等庆功宴结束后的一个跟踪环节，跟踪高善会发现他居然藏着珊瑚雷珠，此处使用剧情杀，让旅行者行踪暴露，并且和旅行者打一架。打完之后高善会告诉你，自己不希望和平，还想继续打下去的心声，正好愚人众联系上了他，说有办法能让战争继续下去，于是他就暗中和愚人众勾结上了。愚人众发现珊瑚雷珠对身体有害以后，就没继续把它们带在身上，而是让他放到了隐秘的地方，观察几天看有什么变化再拿回去研究。
通过盘问得知，高善虽然知道珊瑚雷珠，但并不知道它是心海的能量来源，也不知道心海让他们搜集这东西有什么用途，他只是奉命行事。
然而珊瑚雷珠虽然抢回来了，却为时已晚，雷珠的能量已经快漏完了。此处安排一个倒计时环节，让主角必须在指定的时间内抵达秘密基地把雷珠还给心海，再安排剧情杀，等赶到秘密基地时，心海已经因为耗尽能量停机，让旅行者把珊瑚雷珠放入心海的心脏里，奄奄一息的心海用雷珠仅剩的能量，说出给雷珠充能的办法，但要留一个要素，没说完就耗尽能量停机，让玩家自己去试。
到达指定的充能地点之后，玩家才发现这地方不知道为什么来了好多愚人众，做一个限时挑战，保护珊瑚雷珠在完成充能前不被破坏。
从愚人众的身上，旅行者搜出了一些还没来得及发出的密信，这些信件有的是写给反抗军的，有的是写给天领奉行的，原来愚人众确实刺探到了一些关于珊瑚雷珠的情报，他们仍然在暗中鼓动双方，试图让双方继续争斗下去！

接下来再搞剧情杀，散兵突然登场，强行夺走并打碎珊瑚雷珠，用高傲的语气嘲讽旅行者，并且表示这一切都是他的计划，上次雷电将军的事儿让他颜面丢尽，他要用这次的行动来挽回自己在至冬国的名誉。
就在旅行者和派蒙以为散兵已经知道了心海的秘密的时候，散兵接下来的说辞却显示，他其实并不知道这个秘密（或者台词做模糊化处理，无法猜透他是否知道）。
散兵说，他通过情报暗中分析海祇岛反抗军们的行为外加买通的一些线人，发现了有“珊瑚雷珠”这种可以聚集雷元素充能的特殊珊瑚真珠的存在，并且掌握了感知珊瑚雷珠位置的技术，发现珊瑚雷珠的藏匿地点就在一个秘密山洞里，于是派人趁那里没人将其抢夺了过来，打算弄几颗回至冬国研究以改善邪眼。
但这玩意的辐射太没谱了，害死了他好几个愚人众手下，不过现在已经无所谓，他已经搜集到了足够多的情报，现身只是想跟旅行者堂堂正正决一死战一雪前耻。
就在此时，散兵手下发来一封加急电报，散兵看后，气得冷汗直流，拳头攥紧，给旅行者撂下几句狠话，说今天就先这样，有机会我一定要手刃了你云云，随后扬长而去。
散兵走后，旅行者对着碎成一地的雷珠绝望，良久他才和派蒙才想起来，今天是谈判的日子，他们是谈判的见证人，得让九条裟罗知道珊瑚宫心海去不了了，还得想办法找到代替心海的谈判人选等等。
但当他们到达谈判地点的时候，却发现心海和九条裟罗已经坐在谈判桌前！九条裟罗还抱怨旅行者作为见证人怎么还迟到。接下来的谈判剧情，改成在谈及治安管辖权时双方又要开打，然后旅行者及时拿出了在愚人众身上搜到的信件，天领奉行手下与愚人众暗中勾结的事实大白于天下，局势逆转。

谈判结束之后，派蒙才找到机会问心海，你从哪里又得到了珊瑚雷珠，心海说，高善在事情暴露之后内心愧疚，主动把剩下几颗还没完全失效的珊瑚雷珠交回（其实是因为受不了辐射，感觉这玩意确实不是自己能持有的），这才让她重新有了能量去谈判。
在回去的路上，心海的能量又一次用完了，旅行者需要回到珊瑚雷珠充能场地把充能做完（这一次不再有愚人众干扰，但是可以来一些丘丘人干扰），心海恢复正常后，自觉在谋略方面还是欠缺打磨，自以为万无一失却未曾想留下了明显的漏洞，让愚人众钻了情报空子，深感还需再学习。并且还请旅行者和派蒙保守她的秘密。
派蒙在路上抱怨，到底是谁把心海的秘密泄露出去的，心海微微一笑说道，她听了旅行者的复述后，其实已经大概知道可能是谁了，但现在调查还在进行中，所以还不能透露她是如何推断出的，但可以肯定的是，那个手下不是泄露者。派蒙还觉得奇怪，说你凭什么那么信任他。
至于愚人众是否刺真的探到了心海能量的秘密，那封加急电报到底写了什么导致散兵看完以后气得放弃与旅行者决斗，愚人众对于珊瑚雷珠的情报掌握程度如何，他们会不会将其用来增强邪眼，珊瑚宫心海的秘密是否会再次遭到泄露，留待「眠龙之章·第二幕」第二章再续。