公司注销需要办理相关清算手续。一般来说，公司注销需要做的第一件事，就是把税务、社保等相关清算环节清理干净，公司才能注销。如果公司注销时账户中的资金是清算后的盈余资金，那么公司可以按照股东持股比例将盈余资金支付给股东，当返还金额小于投资金额时，无需缴纳个人所得税。
一般情况下，在进入注销清算程序之前，特别是在清税之前，公司要提前处理好现金、存货等资产，比如员工工资的支付、税款的缴纳、社保和公积金的缴纳，以及各种应付款项的支付，当然也包括股东投资款的返还等。只有这样，才能避免公司清算后，公司账上还有资金的情况。
公司注销的清算顺序是先清税，当地税务机关会检查公司的纳税情况，公司有无欠税，特别是存货检查，确认公司有无欠税；取得当地税务机关出具的完税证明后，公司可前往开户行关闭基本存款账户等结算账户。在结账前，公司需要把公司账本上的资金一笔一笔的支付出去，比如员工的工资、税金、应付款项等。清算后公司账户有存款的，可按持股比例划转给股东。
需要强调的是，无论公司处于破产清算还是非破产清算，公司都需要履行相关的清算程序，避免清算期过后的麻烦。现实中，一些投资者成立公司，由于各种原因停止经营，但公司没有做注销，变成了僵尸户。此外，如果注销公司已经履行了正常的清算程序，那么公司账户在注销前已经清理干净，公司账户中不会有存款余额。
简而言之，公司注销应当清算，账簿上的资金应当按照清算程序按照股东持股比例支付给员工工资、缴纳税款、缴纳社会保险、偿还债权人款项、返还投资款。公司返还股东的金额少于股东初始出资额的，股东无需缴纳个人所得税；如果大于初始投资金额，则需要缴纳个人所得税。当你有这方面的问题的时候，可以来找小编的。