近年来,大量研究证实过敏性疾病(如湿疹、儿童炎症性肠炎)、营养代谢类疾病(如肥胖、儿童糖尿病)、神经类疾病(如难治性癫痫、孤独症)等各类疾病中都存在肠道菌群的紊乱。通过肠道菌群检测方法可以(提早):问题出现前的预防、出现问题时的诊治、衰竭后的移植方案等。
★★★肠道菌群研究方法有哪些?怎么测?
肠道菌群的组成可能包括DNA病毒、RNA病毒、细菌和真菌,对应的微生态研究是还原每个样本真实菌群结构并比较不同样本间的差异,以及菌群差异和个体表型的关联机制。微生物多样性测序(扩增子测序)是基于二代高通量测序对16S/18S/ITS等序列进行测序。可以同时检测样本中的优势物种、稀有物种及一些未知物种的检测,获得样本的微生物群落组成以及相对丰度。常见的微生态研究方法或手段包括16S rDNA扩增子、16s rRNA基因测序、18S rDNA/ITS扩增子、宏基因组、宏转录组、宏蛋白质组、宏代谢组、培养组学、肠道模拟器及类器官。下面小编给大家介绍三种比较常见的微生态研究方法:
一、16S rDNA扩增子
细菌核糖体RNA(rRNA)普遍存在于细菌中,其中16S rDNA(约1540bp),包含9个高变区,间区有较强保守性,具有较好的功能同源性。因此,16S rDNA扩增可用于细菌物种的鉴定,并进一步还原环境样本中的细菌组成和丰度。16SrDNA是细菌染色体上编码16SrRNA相对应的DNA序列, 16s rRNA是由16s rDNA转录来的 , 一般扩增检测和分析的对象都是16s rDNA 。
二、 16s rRNA基因测序(简单来说就是常见的粪便检测哦)
16S rRNA 基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因,长度约为1542bp,其分子大小适中,突变率小,是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。16S rRNA基因序列包括9个可变区和10个保守区,保守区序列反映了物种间的亲缘关系, 而可变区序列则能体现物种间的差异。 16S rRNA基因测序以细菌16S rRNA基因测序为主,核心是研究样品中的物种分类、物种丰度系统进化、功能预测以及微生物与环境互作关系等。粪便、动物肠道内容物、皮肤、组织、痰液、血液、唾液、牙菌斑、尿液,阴道分泌物、发酵物,瘤胃,废水,火山灰,冻土层、病害组织、淤泥、土壤、堆肥、污染河流,养殖水体、空气等有微生物存在的样本都可以用于16s测序分析。
★★★肠道菌群研究方法有哪些?怎么测?
肠道菌群的组成可能包括DNA病毒、RNA病毒、细菌和真菌,对应的微生态研究是还原每个样本真实菌群结构并比较不同样本间的差异,以及菌群差异和个体表型的关联机制。微生物多样性测序(扩增子测序)是基于二代高通量测序对16S/18S/ITS等序列进行测序。可以同时检测样本中的优势物种、稀有物种及一些未知物种的检测,获得样本的微生物群落组成以及相对丰度。常见的微生态研究方法或手段包括16S rDNA扩增子、16s rRNA基因测序、18S rDNA/ITS扩增子、宏基因组、宏转录组、宏蛋白质组、宏代谢组、培养组学、肠道模拟器及类器官。下面小编给大家介绍三种比较常见的微生态研究方法:
一、16S rDNA扩增子
细菌核糖体RNA(rRNA)普遍存在于细菌中,其中16S rDNA(约1540bp),包含9个高变区,间区有较强保守性,具有较好的功能同源性。因此,16S rDNA扩增可用于细菌物种的鉴定,并进一步还原环境样本中的细菌组成和丰度。16SrDNA是细菌染色体上编码16SrRNA相对应的DNA序列, 16s rRNA是由16s rDNA转录来的 , 一般扩增检测和分析的对象都是16s rDNA 。
二、 16s rRNA基因测序(简单来说就是常见的粪便检测哦)
16S rRNA 基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因,长度约为1542bp,其分子大小适中,突变率小,是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。16S rRNA基因序列包括9个可变区和10个保守区,保守区序列反映了物种间的亲缘关系, 而可变区序列则能体现物种间的差异。 16S rRNA基因测序以细菌16S rRNA基因测序为主,核心是研究样品中的物种分类、物种丰度系统进化、功能预测以及微生物与环境互作关系等。粪便、动物肠道内容物、皮肤、组织、痰液、血液、唾液、牙菌斑、尿液,阴道分泌物、发酵物,瘤胃,废水,火山灰,冻土层、病害组织、淤泥、土壤、堆肥、污染河流,养殖水体、空气等有微生物存在的样本都可以用于16s测序分析。