在政教合一的情形下，圣公会成为王权的工具和专制制度的支柱。由国王任命和批准的圣公会神职人员，实际上成为王室的官吏。国王的命令，往往是从布道台上宣布的。不但非国教徒受到残酷的迫害，圣公会徒也受着严密的监视。

宗教法庭，首先是“最高法院”对于犯有不服从圣公会教条嫌疑的人们，立即实行严厉的镇压。

国王、封建贵族和主教是三位一体的反革命势力，是英国资产阶级革命的对象。因此，反封建的斗争，同时也以反国教的形式表现出来。

十六世纪下半叶，资产阶级和新贵族要求进一步实行宗教改革，清除圣公会中天主教的烦琐仪式，废除“圣像”崇拜，减少教会费用，反对教会勒索，主张“纯洁”教会，所以称为清教。

为了同国教作斗争，他们在加尔文教中给自己找到了现成的思想武器。正如恩格斯所指出的，“在这里，加尔文教是当时资产阶级利益的真正的宗教外衣”。资产阶级要求按照加尔文教的方式，建立一个所谓民主的教会组织。

他们宣扬工商业活动是神圣的“使命”，快快发财是承受神恩的体现和“特选子民”的标志。

他们提出改组教会，实际上是要求建立资产阶级的社会制度。

清教运动利用传统的方式和观念，打着宗教旗号，鼓动人民群众为资产阶级夺取政权而斗争。英国资产阶级革命是在宗教外衣下进行的，这是它的又一个特点。

清教运动在十七世纪初期，已经分裂为两个重要派别。温和的正统的“长老派”掌握着运动的领导权。这一派代表大资产阶级和上层新贵族的利益，在组织上没有同圣公会断绝关系，仅主张废除主教职位，由教徒推选的“长老”治理教会。

清教运动的左翼统称“独立派”。

这一派反映中等新贵族和中等资产阶级的利益，主张每一教堂、每一教派独立自主，由教徒公众管理，教徒可以自由祈祷，自由解释圣经，可以直接同上帝交往而不受主教的干预。

因此他们否定了主教，也否定了“长老”的权力。

不过在取得政权以前，两派还是结成联盟反对专制王权的。城市小资产阶级和部分农民参加清教运动，更加速了清教内部的分化。