1、肠胃病
海马患肠炎病后，活力明显下降，反应迟钝，常独自离群漫游或长时间静止于养殖池底或附着物上，严重时侧躺于池底或无力地漂浮于水面。食欲下降，摄食能力也明显降低，身体消瘦。病情较轻的海马肛门发白，微微突出，尾端轻微红肿。病情严重的海马肛门突出明显， 呈乳白色或血红色并伴有黏液和血污，有些个体腹部肿胀，轻轻按压有黄色黏液或脓血从肛门流出。剖开海马腹部会发现有大量积液，肠内无食物，肠道发炎充血呈红色，后肠肿胀明显，并可能伴有白色结节
防治方法：保持水质和饵料清洁，适用药物：氯霉素，青霉素，土霉素等抗生素。用药方法：全池泼洒，每立方米100到200万单位。2到3天换水时下药一次。
治疗：清洁，隔离，浸泡土霉素海水溶液，用氯霉素毒。
（也可以用氟苯尼考）
2、肤毛病 病症：海马苗成毛毛虫状，常做挣扎状摆动，逐渐瘦弱而死。病因：海水螅或聚缩虫大量附生在海马体外，肉眼能清楚看到。
流行情况：海水螅寄生发生在冬春，聚缩虫寄生发生在夏秋。防治措施：用0.1%的甲醛溶液浸浴半个小时。便可脱落死亡。
3、断尾病 病症：病原体寄生在尾部。形成一簇根状语拖在海马体上，一段时间后，尾部局部断掉，少量死亡。病因：一种枝状海水螅寄生所致。流行情况：夏秋季，对幼苗和幼鱼危害较重。防治措施：用0.1%的甲醛浸浴20分钟即可。
4、气泡病 症状：海马表皮膨起，像烫伤水泡，导致失去平衡漂浮水面。长在吻部，使海马呼吸闭塞，并发炎症造成死亡。病因：水质不洁，光线过强。雨后天晴更易发生。防治措施：保持水质清洁，避免强光和水温陡升。 2.4%的生石灰水浸浴10分钟有一定效果。用针刺破气泡，放出气体获得较好效果。
5、胀膘病 症状：海马侧浮于水面，腹部膨大，解刨见膘胀大，短期不致死。但停止生长，一段时间后死亡。病因：不清楚，多出现在条件突变，光线过强，氧气不足。防治措施：土霉素25万单位与小苏打各一片，研成粉末，加凉开水10毫升。每尾灌0.5毫升。有一定效果。