为了生产低菌奶粉，将含有约9%干质量的巴氏杀菌脱脂奶蒸发至约40%的浓度。然而，浓缩物中仍然含有大量耐热细菌和孢子，因此，喷涂前需要进行高浓度热处理，以破坏细菌和孢子，生产出无菌的高质量产品。高温处理不仅会影响细菌和孢子，有价值的乳清蛋白也完全或大部分变性，这会对产品的功能和营养产生不利影响。乳清蛋白属于白蛋白和球蛋白。从营养生理学的角度来看，乳清蛋白是一种高价值的牛奶成分，特别用于构建肌肉，如蛋白质补充剂。未经处理的脱脂乳显示，作为乳清蛋白含量参数的乳清蛋白氮指数WPNI高于6，而在常规高温处理期间，该值降至小于1是不可取的。
　　替代方法可能是在较低温度下进行热处理，例如70°C，而不是高于100°C。实际上，由此获得的产品显示WPNI高于5。然而，细菌污染太高，获得的产品难以市场化。为了提供不含细菌或低细菌的奶粉，即脱脂奶粉和全脂奶粉(目前仅在高温处理后获得)，采用物料分离膜对其进行除菌处理。