菌群移植的成功取决于供体，以前对供体筛选的标准基本都是对照欧美国家的标准，但由于欧美国家人群与亚洲人群BMI、肠道菌群等存在差异，因此我国根据国外的标准结合相关指南及临床数据，给出了六个维度的供体筛选标准：生理、心理、个人史、稳定性、持续性、限食性。
筛选标准与检测体系，供体的质量标准是效果的关键。承葛医药集团参与国家供体筛选安全标准的制定，制定标准高于国际标准，为中国菌群移植推荐了更严格的供体标准供体筛选标准及流程；
供体筛选是成功施行安全有效的菌群移植最重要因素之一。承葛医药集团供体筛选分为三步：问卷调查、临床体检及宏基因组测序，选用18-28岁高知人群，在严格的筛选标准下，供体合格率只有千分之2-3
1.问卷调查
在对供体姓名、性别、年龄、身高、体重、籍贯、民族、职业、常住地、经历地等基本信息和用药史、病史、家族史等调查之外，我们还增加了智商、情商、皮肤、气质、供体饮食、生活习惯评估等长达308项测试内容，这比目前国际权威的供体筛查标准更为严格。
2..临床体检
我们对供体是否患有感染性性疾病、代谢及神经相关病变，以及是否服用可能影响肠道菌群的药物等方面进行考察，排除可能影响肠道菌群的因素。并对供体进行多项血清学筛查，包括血常规，血生化全套，肝炎病毒（甲肝、乙肝、丙肝、戊肝）、HIV1和2型抗体、EB病毒、梅毒等病毒学检测，幽门螺旋杆菌抗体等筛查项目。并通过分子生物学、培养和镜检方法对供体粪便样本进行沙门菌属、志贺菌属、霍乱弧菌等多种病原微生物筛查和多种寄生虫筛查。
3.宏基因组测序
我们还在国际权威标准基础上增加了对供体粪便样本的肠道微生物宏基因组测序。通过宏基因组测序的菌群结果，我们可以从基因层面评估供体肠道菌群多样性、有益菌含量、潜在的疾病风险等，从微观上评估供体的菌群质量。
供体筛选作为菌群移植制备流程中的第一步，是广大患者及医生最关注的问题。严格供体监测监管，保证供体质量，是该行业的重要基础，也是保证疗效的关键。承葛医药集团的三步筛选法是目前国内该行业的最高筛选标准，并且联合国内20家顶级三甲医院共同发表了供体筛选标准文章，希望该项技术能在此标准下，挑选出更多的优质健康供体，造福于大众。