肠道免疫系统被称为人体最大的免疫系统，肠道菌群的平衡，对我们的身体健康至关重要，现在人的饮食和生活习惯、抗生素的滥用、剖腹产、精加工的食物、自然环境的变化接触各种不同环境的微生物等等影响着我们的肠道菌群。可以说，在当代工业化的社会，我们的很少人能拥有一个完全健康的肠道菌群。正常情况下，人体有一定抵抗能力与这些肠道寄居菌群之间相互适应，互相竟争，又互相依赖，正常情况下保持有益菌占上风的平衡状态，维持肠道内环境平衡而不引起机体患病的出现。
1. 免疫力低下，感冒不停
人体的免疫系统有70%~80%是分布在肠道内或者肠道周围，肠道菌群失衡是免疫力低下的重要原因。反复感冒与机体的免疫力差有直接的关系，身体抗病能力不强，不能抵御外来的致病菌，对此就很容易的反复发作。
2. 腹泻、便秘、肠易激综合征等
出现腹泻、便秘、肠易激综合征（IBS）等症状根据多项研究发现，患者与健康人群比较，其肠道菌群不平衡，乳酸菌和双歧杆菌数量少。

3. 对食物不耐受
人体有自身降解单糖、双糖、淀粉和蛋白质等和从食物中获取的营养物质。但是多数的非淀粉多糖等物质是我们体内的微生物所降解的，所以当我们体内缺乏某些降解摄入食物的细菌，那么这些食物的改善健康的愿望会落空，还会出现肠道不适和肠漏
4. 情绪不稳定
有新数据表明，肠道菌群还可以通过与大脑的双向沟通影响情绪和行为。提出”肠道菌群-肠-脑“轴的概念，以描述菌群连接到大脑的途径主要包括循环途径和神经途径。肠道中有30多种神经传导物质。而其中与我们情绪有关的神经传导物质，在肠道中就占有95%，这种物质叫做，5羟色胺，也就是常说的血清素。科学研究以证实，血清素与多巴胺，是产生愉悦情绪的关键神经递质，90%的血清素以50%的及多巴胺，都是在肠道中产生的，肠道中的肠杆菌和摩根氏菌，可以产生血清素。而多巴胺是由大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌产生的。肠道菌群通过促进或抑制分泌神经递质血清素和多巴胺，来对行为决定情绪的好坏。