可以用，意思不一样。
彼は亡くなりました
表示他的特殊处
彼が亡くなりました
表示他属于这个状态。
换一种说法，针对的提问不同。
お爺さん元気ですか？
彼は亡くなりました。
他已经挂了
誰がなくなったんですか？
彼が亡くなりました
挂的是他