中国商标申请人注册日本商标有两种方式，一是直接向日本专利局申请日本商标注册，二是申请马德里国际商标指定日本。那么通过马德里国际商标怎么申请呢？
马德里商标国际注册体系主要是依据马德里协定书及其认定书设立，通过马德里体系提交的商标注册申请，统一交由国际局进行形式审查，再由国际局转交各国的商标主管机关进行进一下的实质性审查。
根据《商标国际注册马德里协定》、《商标国际注册马德里议定书》以及《商标国际注册马德里协定及该协定有关议定书的共同实施细则》的规定办理马德里商标国际注册申请的，申请人应在规定期限内向世界知识产权组织国际局（以下简称国际局）缴纳申请规费。根据国际局发布的收费标准，马德里商标国际注册新申请费用由以下部分组成：
一、基础注册费：653瑞士法郎（黑白图样）或903瑞士法郎(彩色图样)。
二、补充注册费：每个指定缔约方收取100瑞士法郎，要求单独规费的缔约方除外。
三、附加注册费：在有补充注册费的情况下，如商品/服务的类别超过3个，每增加1个类别，增加100瑞士法郎。
四、单独规费：某些缔约方会要求收取单独规费。
单独收取规费的国家及收费标准如下：
单独收费的标准不是固定的，国际局将根据汇率的变化或者应单独收费国因国内收费标准变化的要求及时将各国新的单独收费标准通知各成员国。括号内为集体商标收费标准。