第一篇论文的作者，以仰韶基因为基础，探索龙山文化人的基因中混入了哪些邻近族群的基因，他选取了东北嫩江流域的北部现代人群和长江下游的南部现代人群作为两个介入源，结果模拟失败

事实上是他选错了两个source，他样本中的龙山文化是最典型的龙山文化（河南煤山文化），这种文化不可能和东北地区嫩江地区的人群有任何交流，而煤山文化和湖北石家河文化最为接近，他应该选取长江中游的现代华中人群作为source，而不是长江下游的现代人群。
后续，我将通过我的模拟来还原从仰韶到龙山的这个变化过程。
第二篇文章，也是探讨了亚洲各族群古今的常染变化，他给出一个图很有意思，我们可以看看：

这个图中，我们可以看到仰韶、龙山、现代汉族的常染变化，作者用了六种颜色来标识不同常染基因，红色-藏缅基因、橙色-北亚基因、绿色-百越基因、黄色-苗瑶基因、蓝色-南岛基因、紫色-南亚基因

由于上述的六类基因早在1万-2万年前就已经分化出来，因此不是后世民族自己产生的，而是来自远古，我们可以通过古今不同族群基因的对比，以及考古分析和数学计算来模拟上古族群的基因分化。
现有资料已经显示O-N系基因都是从中国南方开始分化并北上的，目前已检测出最早的O系基因是8000年前的广西独山文化，这是世界上最早的实物检测O3系，不是某些人从今天的O系、N系分布“以今推古”乱推测的结论。
原始N系大致在中国云南开始分化，一支经四川盆地向北进入甘肃，形成了大地湾，他应该红色+紫色的基因，在所有的藏缅族群中（含最北的藏族、羌族）都含有相当比例的紫色基因，这种基因是古南亚基因，说明了藏缅族群是N系从南方北上的第一站，他们身体中仍保留了大量的原始南亚基因。另一支北上进入湖南，然后从江西穿越安徽江苏最后进山东中南部，这就是扁扁洞文化（北辛-大汶口文化的主要源头），扁扁洞文化属于南方大石器文化，与北方原有的细石器文化是格格不入的，揭示了它的南方起源。
大地湾文化主要N1a（N北支），而扁扁洞文化则主要是N1b（N南支）。两支文化北上以后，与当地细石器人群混合，基因中紫色的南亚部分渐渐减少，而亚洲东部沿海地区的古人类遗址还普遍带有一点蓝色的南岛基因，比如日本的绳纹遗址。
原始O系大致在广西的南部分化，分为三支，东支沿海路进入江浙地区，这就是河姆渡文化，河姆渡文化有较多南亚紫色成分和蓝色南岛成分。另外两支向北沿河谷翻越南岭山脉进入湖南，其中西支北上后又折返进入湖南西南部的五溪地区以及贵州东北部，形成早期高庙文化，与后来的苗瑶民族有一定关联，含有紫色的南亚成分。而北支一路北上直接越过长江，进入江汉平原，在早期其他北上的O系排挤下顺着长江沿岸行进到达三峡地区，这就是早期的城背溪文化，其主体是绿色的基因，含有少量黄色基因成分，但不含有紫色和蓝色的南亚成分。
下图是根据科学计算模拟推算的基因分化结果：

城背溪文化东进越过汉江，重新进入江汉平原，与当地的边畈文化融合，形成油子岭文化，油子岭文化北上征服河南下王岗文化，形成了屈家岭文化。下王岗文化是仰韶文化和贾湖文化融合的产物，贾湖文化与仰韶文化截然不同，其部分源头可能是从河套地区沿山西盆地南下进入河南的一支C系，因此屈家岭文化是融合了南北的多元融合文化，它既种植粳稻，也种植粟米，还养猪养狗，屈家岭文化不再单一只有O系，还有少量C系（C南），其基因中出现了少量北亚橙色，也出现了一定比例的红色藏缅基因，绿色比例一如既往的高，而黄色比例进一步降低，已经出现了华夏先民的雏形。屈家岭文化强大之后，向东强烈影响了安徽凌家滩文化，而凌家滩文化是良渚文化的主要先民之一，因此良渚文化基因出现了大量的绿色比例，良渚文化与大汶口文化进行了双向的影响，最后良渚文化中出现了一点红色基因，而大汶口文化中出现了微弱的的绿色基因。大汶口又影响了仰韶文化，使仰韶文化出现了少量的蓝色基因。油子岭文化北上融入仰韶文化之中，是仰韶文化庙底沟类型形成的一个重要条件，它的陶器中出现特殊花瓣纹图案，与之前大地湾-半坡文化截然不同。因此仰韶基因中也受影响出现了微量的黄色和少量的绿色基因。
下图是根据科学计算模拟推算的基因分化结果：

屈家岭文化北上影响仰韶文化，对庙底沟二期的产生有重要作用，庙底沟二期也是后来王湾文化的一个主要源头。屈家岭文化发展出石家河文化，而石家河文化北上是河南煤山文化产生的的重要原因，两者连墓葬都是一样的，而煤山文化是中原二里头文化的主要源头。
事实上把王湾文化分成两个亚型是不对的，王湾文化的北部亚型才是真正的王湾文化，由山西的庙底沟二期南下发展而来，而南部亚型的煤山文化其实就是石家河文化北上而成，以王城岗-新砦文化为代表的煤山文化才是最典型的河南龙山，事实上是他们吃掉了北部的王湾文化，导致了二里头文化的出现。
仰韶文化实际上是被庙底沟二期和河南龙山文化给吃掉了。大汶口文化也逐步被良渚文化吃掉。
石家河文化最强大时期，良渚文化也消失了，他们的一部分融入到华夏民族之中，另一部分流入到后来的百越民族中，百越民族普遍带有少量的紫色南亚基因和蓝色南岛基因。
石家河文化绝不是被龙山文化（王湾三期）吃掉了，因为煤山文化就来自石家河文化，两者连墓葬都是一样的，另外石家河文化晚期出现了大量精美绝伦的玉器，之前在北方没有出现过，同期龙山文化出土的玉器寥寥可数，龙山文化没有的东西在石家河大量出现了，不能强词夺理说是征服石家河之后所以玉器才大量出现。
石家河文化事实上后来发展出了盘龙城商文化，文明又更进了一步。
石家河文化对良渚文化的融合，又有了微量的蓝色基因，至此华夏民族的基因构图已经大体成型，现代北汉基因和南汉基因的结构，与石家河基因基本类似，红色和绿色的比例非常接近了，只是北汉的红色略微偏高一点点，而南汉的绿色略微偏高一点点，相对龙山文化而言，现代汉族还多了一点北亚橙色的基因，应该历史上游牧政权时期形成的，北魏鲜卑辽金元清时期游牧民族对中国影响很大，但从橙色基因比例来看，其实影响也不是想象的那么大。
下图是根据科学计算模拟推算的基因分化结果：
这张图就解决了顶贴中所提论文《中原仰韶至龙山时期古代人群基因组学研究》中的两个问题：
1、龙山文化是如何从仰韶文化变化到目前这种基因结构的？
2、为什么从仰韶-龙山-现代汉族的基因结构是越来越向南方长江流域人群靠拢，而不是相反？
答案尽在本贴，请读者自行解答。

从仰韶到龙山再到现代汉族人群的常染变化，有持续南方人群的贡献，这点是肯定的。不需要再讨论。
现在的问题是这个南方人群来自哪里？
付巧妹的论文，所有的南方人群都来自东南古人------福建奇和洞相关人群的分化，就是下图中蓝色的点，其地理位置位于福建南部的漳平，离厦门不远，也就说离台湾澎湖马祖列岛很近了，而福建亮岛古人属于奇和洞相关人群，他们就在马祖列岛上。

这样一个基因真的能能代表长江流域古人吗？8000年前的东南古人最后扩散到整个南方，占据了整个长江流域，并分化到了东南亚？？对于付巧妹的这个观点，我是有点质疑的。
为什么?
因为除了东南古人之外，事实上还存在西南古人，广西独山文化发现了世界上最早的O系基因，而且是O3。
8000年前老挝的和平文化测出了C系和D系，这并不重要，重要的是和平文化人的常染让人大吃一惊。
我们把亚洲最早的4个8000年前的古人DNA拿出来：
1中国福建亮岛 2内蒙古裕民文化 3 黑龙江肇东 4老挝和平文化

把这四个古人DNA放入东亚各族基因群中进行比较，你能看出来这四个古人常染与东亚哪个族群比较接近吗？

如果看不出来，那么请看下面一张更大的东亚人群基因图：

比较这张图和上面一张图，你会发现属于老挝和平文化的4-pha faen la368这个古人基因就落在了藏缅群里面，它竟然比绝大多数汉族的常染要偏北得多。这个研究一定程度上，证实了藏缅族群1万内以内起源于南亚。
而1-Liang Island这个古人基因则位于汉族与东南亚族群之间，比较靠近中国南部的一些少数民族以及东南亚的一些南岛族群。
这个研究说明了南方的古人其实分为了两个大群，一个是西南古人，常染靠近藏缅，一个是东南古人，常染靠近百越。
因此付巧妹单单把东南古人作为长江流域古人的代表，并进行推论的做法是不够严密的

这张图对应上一张图标出了两个8000年前古人的PCA分布，一个在百越群，一个在藏缅群；一个是东南古人，一个是西南古人。奇和洞古人常染十分接近台湾的南岛族群，而和平古人常染则接近云南和四川雅江的藏族。
再看一下藏缅族群的分布区：

图中红框所示位置正好是藏缅族群分布区，它横跨了三个群，正好对应了远古人的迁徙过程，从云南经四川一路北上到达甘肃，然后转身东进向黄河中下游迁徙，而仰韶文化极可能是这次东进后与当地细石器人群混合的产物。
和平古人在8000年前，仰韶古人最早在6300年前，所以先北上再东进符合时间线逻辑，而不是先西进再南下。
德国学者引用付巧妹的1万年前的广西隆林人数据（与和平人有差别），研究发现了藏缅人常染含有27%的隆林人成分，而仰韶文化常染接近藏缅人，因此仰韶人也应有隆林人的常染成分，从而为西南古人北迁的假说又增加了一个实证。

这张图可以看出石卯、庙子沟等遗址已经完全落在了藏族常染范围内，与部分尼泊尔古人（4000年前）和甘南藏族的常染点发生了重合，齐家文化的常染也和石卯聚在了一起。
所以那些整天说石卯就是夏朝的人可能要当头拨一桶冷水了。
仰韶文化有一部分的常染点与部分藏族重合，更令人不可思议的是，仰韶文化与青海土族的常染大量重合，土族其实是藏族与蒙古族的混血，他们说蒙古语，但服装和习俗类似藏族，还有一点比较有意思，和古楚人一样土族称呼老虎为於菟，每年要过一个盛大的於菟节。
比较尴尬的是，PCA图上仰韶文化与现代汉族人群相距甚远，仰韶是汉族的一个祖源之一，但若真把它作为华夏的唯一源头，以后会麻烦不断。

山东古人（7500-9000年前）比较特殊，它和仰韶的常染不一样，相对而言它比较接近蒙古-通古斯人群，它有一个离散点（小高遗址）已经进入了蒙古-通古斯圈。
相对仰韶人群它距离现代汉族更远，反而是与保安族（蒙古族与回族混血的民族）和部分青海土族的常染大量重合。
而那个离散点-小高遗址的常染则是非常靠近锡伯族。
这些都非常颠覆人们的想象，但是请注意，PCA图上常染距离接近，并不等于血缘关系接近。
山东古人的常染结构与这些民族完全不同，不能将他们简单联系起来。

这张图中，可以看到山东古人的基因结构基本为橙（北亚）+红（藏缅）+蓝（南岛），但是蓝色南岛基因在其他人群中都是微量存在或者没有的，而山东古人没有的绿色基因成分，在其他人群中普遍有相当比例的存在。所以他们的祖源是不同的。
我再强调一次：PCA图上距离相近并不等于血缘关系相近。这只是一个模拟的计算结果，只能一定程度上模拟人群的混血情况，它还存在BUG，在某些情况下并不能真实反映人群之间的关系，甚至会偏离较大。
付巧妹那篇论文有点鼓吹山东古人了，甚至用山东古人来代表整个黄河流域古人，认为它的常染是最先原生的成分，并向北扩散影响了整个北亚和东北亚。但我从山东古人常染中蓝色的南岛成分推断，它的形成更象是一次早期南方古人北上与东北古人在山东混血的结果。
至于大汶口的常染，图中没有任何数据，但我有点想不明白的是，为什么图中7500-9000年前山东古人的遗址有好几个，而山东大汶口遗址的数据却一个没有？

这张图中，可以看出龙山文化和日韩的常染位置比较接近，但是在龙山文化和日韩之间还有一些散点更接近，比如陕北的五庄果梁（属庙底沟文化晚期）和内蒙古赤峰的二道井子（属夏家店下层）。这圈里的龙山文化主要是晚期的河南龙山（煤山类型），比如郝家台文化、平粮台文化等，受石家河文化影响很大。图中好像没有山东龙山，非常不解为什么图中没有大汶口和山东龙山的任何常染点。
在这个位置，龙山文化人群的常染点基本脱离了现代蒙古语人群，下方开始零星出现现代汉族常染散点，再下方就是属于藏缅语族的纳西族、彝族散点（主要是云南纳西族），这就解释了现代汉族中如果某人携带藏缅成分，为什么通常都是纳西族、彝族成分，而不是藏族成分。
纳西族是云南的原住民，地理位置比彝族偏南，但是常染要比彝族偏北，所以这又是一个西南古人北上形成藏缅的证明。
另外，我要再次补充的是，PCA图上接近，不等于血缘关系相近，龙山文化和日韩的常染位置虽然相近，但是两者的常染结构是不同的。

这张图上我们可以看出龙山文化基本上是红+绿组合，而日韩是橙+绿+红组合，龙山文化几乎没有橙色的北亚成分，但红柱比日韩的红柱要长很多，由于红色的藏缅也算作北方成分，因此在PCA图上，两者常染比较靠近，但是细细分析之下，他们的祖源和形成还是不同的。所以PCA图是有bug的，还需要其他手段辅助进行分析。

这个图把汉族的三个地区常染聚类大致标出来了。
北方汉族（图中主要是山西山东汉族）最接近龙山文化常染的位置，当然常染的结构还是有一定区别。有一个龙山文化散点落在了北方汉族中。还有一个少数民族散点落在圈中，好像是云南的普米族（云南羌语支）。
华中汉族（图中包括江苏汉、湖北汉、河南汉、上海汉、浙江汉等），有两个龙山文化散点落在其中，落入其中的少数民族散点有羌族、土家族、普米族、云南兴隆藏族。
华南汉族（图中包含重庆汉、福建汉、广东汉等），与之相邻和相近的少数民族散点有哈尼族、拉祜族、倮倮族、畲族、部分湖南苗族等。
结论：
1、龙山文化和汉族关系最为密切，有一个龙山文化散点落在北方汉族圈中，有两个龙山文化散点落在华中汉族圈中，从遗传距离和遗传结构来说，龙山文化与现代汉族关系最为接近。
2、汉族的常染点几乎全程和各种藏缅民族缠绕在一起，主要为南方的一些藏缅民族，反而与北方藏族关系疏远。
汉族的起源和藏缅民族关系密切，但两者的分离可能是在南方，而不是在北方。
3、云南的藏缅民族，无论是纳西族还是普米族等，他们的常染都比其所处地理环境要偏北得多，与之类似的还有尼泊尔4000年前的古人以及尼泊尔的一些现代民族，还有老挝8000年前的和平文化古人，它们充分表明了藏缅民族起源于西南古人的可能性。