鸡粪的加工处理方式多种多样，有物理方法、 化学方法、微生物发酵法、多种方式综合法，其洋法与土法、古老与现代并存，各有优劣，应因地制宜。粪便发酵作肥料的传统老办法是，让其自然堆积发酵5~6个月，这样臭味散发,既污染环境又造成养分大量流失。
而用微生物发酵法处理粪便，不仅能加快发酵过程，缩短发酵时间，防止浪费提高粪便的营养价值；而且能通过发酵产生温度烘干粪便，节省能耗，成本低廉，操作简单，易于推广，因而受到用户欢迎。本方法适合处理鸡粪、猪粪、牛羊粪、鸭粪、鹌鹑粪、兔粪、鸽粪等动物粪便。
发酵方法：
1． 发酵原料：新鲜的动物粪便，辅料(锯未．秸杆，玉米面．麦麸或稻糠．等均可）搅拌均匀做成菌种混合物待用．
2．将上述菌种混合物均匀撒入1吨的发酵物料上面，把发酵物摊薄些，边撒边翻几下更容易使物料和发酵剂搅拌均匀．
3.将待发酵物料水分调节到50％-60％(判断水分标准：手用力捏物料成团有水印，不滴水．松手即散.)堆高至0.8-1.5米，宽度1.5米，长度不限，条式堆体．
4.发酵2-3天后，待温度升到45度-60度对物料进行一次翻堆,待温度再次到达60度以上时,需再次翻堆,整个过程翻堆3次左右,如果是种植户翻堆劳动量大.可适当打孔,方便物料发热,但翻有利均匀发酵.
5.10天左右发酵腐熟,发酵腐熟成功标志:物料疏松,没有粪便原味.略有氨味,堆温下降45度以下,表面有白色菌丝.粪便发酵的后的用途：
1、可以制作种植、花卉等生物有机肥。
2、粪便发酵做有机肥料能增强农作物抗病能力。有机物料在肥料发酵剂类产品发酵处理过程中，伴随着微生物的大量快速繁殖和一系列复杂的生化反应过程，微生物在繁殖过程中会产生大量的特效代谢物质（如酶、激素、抗生素，这些物质是生物体本身自然所产生的，不是外来的化学激素抗生素，只有好处而无任何毒副作用），其中激素可刺激作物快速生长发育；而抗生素则能明显抑制土传病菌的传播，提高作物抗病、抗逆性能。而不发酵处理的粗制有机肥不但没有这些优点，反而由于其自身带有致病菌，成为传播作物病害的主要传染源。所以说肥料发酵剂这些产品发酵处理后具有很好的抗病作用，是值得推荐的好方法，节约农药成本提高经济效益。