首先TPD作用靶点丰富，不依赖于传统小分子抑制剂“占有驱动”的作用方式，而是采用“事件驱动”方式，使其作为靶点的蛋白限制更少。其次TPD对高亲和力配体结合的依赖性降低，同时，靶向降解是一个催化过程，作用速度更快，TPD通常会在几分钟到几小时内快速耗尽目标蛋白，单个降解剂可以降解多个目的蛋白，更容易发现具有低纳摩尔效力的候选药物。而且特异性更高，致病变体蛋白与正常蛋白在空间结构存在差异，TPD药物可以基于此结构差异，在不影响正常蛋白功能的前提下，选择性结合并引起某种致病变体蛋白的降解。最重要的是，TPD可以募集靶点参与多个蛋白降解过程，从而降低耐药性的产生。
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